CUT&Tag 具有更好的信噪比和更低的背景: Henikoff等人在对组蛋白H3K27me3进行研究时对比使用了ChIP-seq、CUT&RUN、CUT&Tag三种方法。通过相同的数据量(8M Reads)进行比较分析发现,三种方法对应的染色体景观相似,但是ChIP-seq需要更高的测序深度才能达到去背景噪音的效果,而CUT&Tag有最低的背景噪声和最强的信号。
!提前申明:本人非生物信息学专业,对代码编程一窍不通,奈何最近实验用到了ChIP-seq和CUT&Tag,高通量测序后不得不进行数据分析。虽然一开始我一个头两个大,但是通过不断摸索,终于让我找到了不用学代码、…
与以往的ChIP-Seq、pA-MNase等方法相比,CUT&Tag技术方法简便易行,信噪比高,重复性好,需要的细胞数量少至60个细胞,且有望将ChIP-Seq做到单细胞水平。 9.jpeg CUT&Tag技术的基本原理为:在抗体引导下,ChiTag酶仅在目的组蛋白修饰标志、转录因子或染色质调控蛋白结合染色质的局部进行目的DNA的片段化,同时添加测序接头...
根据peak分布结果可进一步尝试motif analysis(Homer),gene annotation(Homer)→GO/KEGG(R),并且联和RNA-seq DEG、ATAC-seq等 image from 达澈生物 2、CUT&RUN、CUT&TAG ChIP-seq主要用超声打断的方式切割DNA片段, 近些年出现的CUT&RUN、CUT&TAG则主要利用酶切的方式 ...
CUT&Tag使用ProteinA-Tn5融合蛋白来结合目的蛋白上的抗体，并特异性切割目的蛋白结合的DNA，最终实现靶蛋白结合位点的精准定位。相比于ChIP-seq而言， CUT&Tag 的数据信噪比高、所需细胞数少，测序量小并且实验重复性高。scCUT&Tag，即单细胞CUT&Tag，可以进一步了解，指定的转录因子或者组蛋白修饰，在细胞群体中每一...
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1. 基础原理:CHIP-Seq(Chromatin ImmunoPrecipitation Sequencing)是通过免疫沉淀等方法富集DNA片段,然后进行测序以获取特定蛋白或组分与DNA相互作用的信息 3楼2023-12-10 02:12 回复 _咕咕咕呼呼呼 初级粉丝 1 而CUT&Tag实验则是一种结合了捕获和测量的新技术,能够在一次试验中同时确定转录因子、RNA修饰酶等复...
ChiTag酶在打断基因组的同时加上接头，不需要繁琐的补平加A加接头，在一天内可以完成从细胞到测序文库制备全流程。CUT&Tag和ChIP-seq比较 ：和单细胞测序结合 ： 由于PCR之前的反应都在细胞内进行，Henikoff博士通过分配单个细胞到5184纳米孔，再加入带随机标签的引物进行扩增的办法，实现单细胞测序。h...
研究使用了ATAC-seq、H3K27ac-ChIP-seq和RNA-seq,用以描绘PDAC基因工程小鼠模型的表观遗传学景观,模型包括具有或不具有KRAS和/或TP53突变。使用Kaplan–Meier方法和多变量Cox回归分析评估FOSL2对PDAC患者生存率的影响。使用CUT&Tag知晓FOSL2的潜在靶点。使用CCK8、transwell迁移和侵袭、RT-qPCR、Western印迹分析、IHC...
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