Cut&Tag数据分析流程(一) 写在开头:在表观遗传学领域,染色质免疫沉淀(ChIP)是研究蛋白质(转录因子、组蛋白修饰等)与染色质相互作用的传统方法,可以分析特定蛋白在整个基因组上的分布情况。但是由于ChIP-seq需要较高的细胞起始量,这对于某些特殊的样品类型很难获得,比如哺乳动物原始生殖细胞。近年来,一类以融合蛋白pr...
值得注意的是,CUT&Tag分析表明,转录起始位点(TSS)上的组蛋白H3K9la需要HBO1。此外,受调控的Kla可促进关键信号通路和肿瘤发生,通过评估HBO1-敲除(KO)肿瘤细胞的恶性行为以及临床组织中组蛋白H3K9la的水平进一步支持了这一点。此研究表明HBO1作为一种乳酸转移酶介导组蛋白kla依赖的基因转录。 对Hela和HBO1-KO细胞的K...
Cuttag数据分析流程。 1.准备和清理数据。 收集和整理原始Cuttag数据。 处理缺失值、异常值和不一致性。 标准化数据格式和单位。 2.探索性数据分析(EDA)。 总结数据分布、趋势和模式。 使用图表和统计量进行可视化分析。 识别异常值和潜在问题。 3.特征工程。 创建新特征以提高模型性能。 转换、缩放和归一化特征...
同时,对实验设备进行定期校准和维护,保证数据的可靠性。在数据分析阶段,应采用合适的算法和软件进行处理,去除噪声和异常值。此外,设置合适的对照实验,有助于评估数据的准确性和可重复性,从而确保CUT&Tag技术的实验结果具有较高的质量和可信度。 (三)常见问题及解决办法 在进行CUT&Tag技术实验时,可能会遇到一些问题。
cuttag分析流程(部分存疑) 参考博客 数据质控 fastqc -o 0_fastqc/ -f fastq -t 10 --noextract ./0_rawdata/*_1.fq fastqc -o 0_fastqc/ -f fastq -t 10 --noextract ./0_rawdata/*_2.fq bowtie2建立索引 wget ftp://ftp.ensembl.org/pub/release-102/fasta/sus_scrofa/dna/Sus_scrofa.S...
CUT&Tag实验流程 ▶CUT&Tag vs ChIP-seq实验差异 CUT&Tag与ChIP-seq在实验流程上存在不少差异,主要差异点如下: 03 分析流程 爱基百客CUT&Tag项目分析的流程如下: A. 数据质控:原始数据的质控与过滤,拿到clean data 进行后续分析。 B. 比对分析:利用物种基因组进行比对分析,针对比对上的reads分析,分析内容包括...
一. 实验流程: 基于微流控的单细胞CUT&Tag的实验流程包括:细胞(核)悬液的获得及膜通透性的改变、抗体的结合、转座体的孵育及激活、液滴包裹单细胞、微球及扩增试剂的DNA标记、文库构建和生物信息学分析。 单细胞CUT&Tag的实验流程 二. 实验步骤: 单细胞CUT&Tag的实验步骤包括: ...
Cuttag数据分析流程包括几个步骤。首先,我们需要收集和准备数据。这包括从各种来源收集相关数据,如社交媒体平台或在线论坛,并清理数据以删除任何无关或重复的信息。 数据准备完成后,我们可以进入下一步,即探索性数据分析。在这个阶段,我们通过查看数据来更好地了解其特征,并识别出任何模式或趋势。这可以通过图表或图形...
大部分我所选用的代码都是cuttag文章分析流程推荐的代码(https://yezhengstat.github.io/CUTTag_tutorial/#VII_Visualization),但是官网上有部分内容不太适合我们分析的内容,所以做了一些微小的改动。 图片.png 代码语言:javascript 复制 //## -I 是最短序列 -X 是最长序列 -p 线程 -x 指定参考基因组的index...
下面是用DiffBind进行差异peak,需要提前建一个sample.csv文件,把自己要进行差异分析的文件提前读进去,大致可以按照下面这个方式,我主要是参照这个博主的分析流程(https://www.jianshu.com/p/f849bd55ac27),前面给bam文件排好序后,真香,全程无错。 图片.png ...