图2.CUT&Tag实验流程图。 二、CUT&Tag数据展示 Henikoff等通过传统ChIP-Seq、CUT&RUN、CUT&Tag三种方法对K562细胞中组蛋白修饰H3K27me3进行研究,结果显示,在相同的数据量(8M Reads)情况下,三种方法的染色质景观相似,但ChIP-Seq的...
CUT&Tag（Cleavage Under Targets and Tagmentation）是替换传统的ChIP-Seq来研究蛋白质-DNA互作的新技术。与ChIP相同的是都需要利用抗体识别并结合目标蛋白，不同点在于CUT&Tag技术利用Tn5转座酶与Protein A/G的融合蛋白，把酶引导至与目标染色质结合的抗体。Tn5转座酶预先加上adapter，形成组装的pA/G-Tn5转座体，Tn...
图2.CUT&Tag实验流程图。 02 CUT&Tag数据展示 Henikoff等通过传统ChIP-Seq、CUT&RUN、CUT&Tag三种方法对K562细胞中组蛋白修饰H3K27me3进行研究,结果显示,在相同的数据量(8M Reads)情况下,三种方法的染色质景观相似,但ChIP-Seq的背景较高,50M Reads的 ChIP-Seq才能得到与8M Reads CUT&Tag相当的染色质景观。总...
与ChIP-seq相比,CUT&Tag具有显著优势,如:信噪比高,可重复性好,实验周期短(1天实现从细胞到文库构建),细胞投入量低等,尤其适用于早期胚胎发育、干细胞、肿瘤以及表观遗传学等研究领域。 图1 | CUT&Tag实验流程图 CUT&Tag技术的应用 自从2019年CUT&Tag技术出现,迄今为止已经有多篇论文应用该技术进行组蛋白、转录...
图1 CUT&Tag实验流程 CUT&Tag测序能够获得哪些有效信息? 研究感兴趣的组蛋白/转录因子的结合位点信息,确定直接的靶基因序列 注释基因组功能元件(启动子、增强子、基因主体) 挖掘靶基因功能与分子通路机制 图2CUT&Tag标准分析流程图 关联分析要做,更要有好结果 ...
图1 | CUT&Tag实验流程图 CUT&Tag技术的应用 自从2019年CUT&Tag技术出现,迄今为止已经有多篇论文应用该技术进行组蛋白、转录因子功能研究。例如在拟南芥雄配子发育过程中,H3K27甲基化状态的改变可以影响雄配子体中两个细胞系的命运。H3K27me3通常在含有沉默基因的染色质区域富集。研究人员通过CUT&Tag技术发现拟南芥...
图1.CUT&RUN实验流程图 (Skene et al., 2018)。 2019年,Steven Henikoff团队使用pA-Tn5替代pA-MNase,推出了CUT&Tag(Cleavage Under Targets and Tagmentation)技术,其原理与CUT&RUN类似,首先通过刀豆蛋白A包被的磁珠(ConA beads)吸附细胞(与细胞膜上的糖蛋白结合),通过洋地黄皂苷在细胞膜上“打孔”,在抗体引导...
图1 CUT&Tag实验流程图(Kaya-Okur et al., 2019)。二、CUT&Tag质控1.CUT&Tag文库质控 CUT&Tag文库的质控是CUT&Tag项目成功的基础，对文库质量进行严格控制可以减少测序成本和生信分析的计算成本。理想的文库质检图是什么样的呢？（如图2所示）可以明显看出两个特征：1）出现不同的峰，分别是约200bp的峰和400...
图2 理想的CUT&Tag质检图。 图3 比较差的CUT&Tag质检图。 图4 对应图2的测序结果Insert size分布图。 图5 对应图3的测序结果Insert size分布图,由于二代测序倾向于检测较短的序列,图中200bp左右区域的峰高于400bp左右区域。 2.测序结果质控 测序仪产出的reads需要经过一系列的质控步骤:1)低质量reads过滤,包...
CUT&Tag相较于ChIP-seq具有更低的背景信号 相较于ChIP-seq,CUT&Tag具有更高的样本重复性 在相同的测序数据量下,CUT&Tag的peak Region内的数据量更多,信号更强 承启生物CUT&Tag分析流程 部分CUT&Tag分析内容展示 reads相对基因位置分布统计 基因功能区peak分布占比图 ...