CUT&Tag技术具有许多优势，如信噪比高，可重复性好，细胞投入量低等。01 信噪比高 CUT&Tag使用2M的测序量可实现媲美十倍测序量的ChIP-seq实验结果。02 实验周期短 可在1天内完成从细胞到文库构建的全流程，简直就是效率提升神器。03 低样本需求 尤其适用于早期胚胎发育、干细胞等细胞材料获取困难的实验。实验流程
ChIP-Seq与CUT&Tag的优缺点比对如下: Cut&Tag是蛋白质-DNA互作关系研究的新方法,相较于传统的ChIP-Seq具有以下优点:所需细胞量少,背景信号低,可重复性好,无需ChIP级别抗体等优点,甚至可用于单细胞水平测序。Cut&Tag技术可从基因组范围内检测组蛋白、RNA polymerase II和转录因子等蛋白质结合的DNA区端,应用于临床...
缺点:需要高质量的特异性抗体。样本需求量大,实验周期长。信噪比可能较低,背景信号较高。 2.CUT&Tag(靶向切割和标记测序) 原理:利用蛋白A-Tn5融合蛋白在抗体引导下靶向切割和标记DNA,实现高灵敏度、低背景的蛋白质-DNA相互作用检测。 适用场景:研究低丰度转录因子或组蛋白修饰。样本量有限(可低至1,000-10,000个...
CUT&Tag不适宜用于染色质相关的蛋白质,如转录因子 这些蛋白通常与染色质结合较弱,在高盐CUT&Tag溶液中剥离。这是CUT&Tag方法的一个主要缺点,也是EpiCypher继续建议大多数用户使用CUT&RUN的原因之一。 更多详细信息,请联系EpiCypher全国代理-上海金畔生物
另外,Henikoff实验室于2019年又推出了另一种适合更少量细胞、步骤也更简单的染色质结合位点研究方法CUT&Tag, 解决了极少量细胞甚至单细胞的修饰组蛋白分布分析,极大的推动了单细胞水平的表观遗传学调控研究。当然CUT&Tag也有自己的缺点,这是后话,我们后续推文会详细介绍。
CUT&Tag文库产量 如果研究转录因子这样亲和力弱且表达量少的靶点,或使用极少量的细胞(<20,000),通过电泳手段可能检测不到文库的信号。 这使得我们很难去判断是否可以进行测序。 在这些情况下,同批次做一个阳性对照是非常有必要的,以确保该实验过程的有效性。
CUT&Tag for efficient epigenomic profiling of small samples and single cells 许多染色质特征在调控基因表达中起着重要作用。要完全理解基因调控,需要在小样本细胞中以高分辨率绘制特定染色质特征。在这里,我们描述了Cleavage Under Targets and Tagmentation (CUT&Tag),它是一种酶栓系(enzyme-tethering)策略,提供...
因为王茂军老师课题组有同学在做CUT&Tag,我脑海里第一个出现的也是CUT&Tag,两者的研究内容虽然不同,但是使用的分析方式是非常相似的。正好看到菲沙基因做过这两个技术的讲座,这篇博客就整理一下介绍这两个技术以及衍生技术的分析原理,加深下自己的理解,详细的分析流程留到以后需要做的时候再记录。
然而,由于ChIP的交联作用/免疫共沉淀的局限性,ChIP-Seq实验需要大量细胞,而实验重复性差,低信号、高背景等缺点,往往辛苦培养了很久的细胞,挥霍一空后得到大堆无意义的数据,再次实验又得到不一样的无意义数据…… 为了克服ChIP-Seq的缺陷,近岸蛋白质开发了ChiTag酶和CUT&Tag技术(专利号:CN201810523164)。CUT&Tag是...