CUT&Tag是Cleavage Under Targets and Tagmentation(靶向剪切及标签技术)的缩写,可以用来研究组蛋白修饰以及蛋白质与DNA之间的相互作用,该技术利用Tn5转座酶的特点,在切割染色质的同时直接插入接头(adaptor),极大地缩减了建库时间,且对样本量的要求更低,所需的测序深度也更低 (Kaya-Okur et al., 2019)。 CUT&Tag...
在进行CUT&Tag实验时，首先进行靶蛋白特异性抗体（一抗）孵育，使抗体进入细胞与靶蛋白结合。为了放大信号，同理接着进行二抗孵育。最后孵育pAG-Tn5转座体，使得转座体进入细胞并与抗体结合，这样就把转座体间接的固定在靶蛋白上，随后加入Mg2+，激活Tn5酶的切割活性，切断靶蛋白结合的DNA区域。由于Tn5连有测序接头，...
作者首先使用snCUT&Tag分析了明恢63水稻种子的H3K4me3组蛋白修饰位点,将snCUT&Tag数据与多细胞核CUT&Tag和eChIP-seq数据进行比较,发现snCUT&Tag是一种可以用来描绘单个细胞核染色质特征的可靠方法(b-f),随后作者利用H3K4me3 snCUT&Tag数据预测了细胞类型特异的染色质互作,通过降维和聚类将水稻幼苗中的细胞分为17个...
CUT&Tag是蛋白-DNA互作的一大革新技术,它不需要使用甲醛交联以及免疫共沉淀,而是通过针对靶蛋白(如转录因子、染色质重塑蛋白)的抗体和Protein A的介导,使得与Protein A融合的Tn5酶(Tagmentase)在切割DNA片段的同时在序列两端加上测序接头,经PCR扩增后形成可以直接用于高通量测序的文库(具体参考图1)。使用CUT&Tag,可以...
首先拿到公司测序得到的fastq文件(Raw Data),上传到服务器的特定文件夹中,例如/home/zyn/cut&tag/fastq 质控 cd/home/zyn/#注意mkdir -p ./cut&tag/fastq报错,是因为&符号在Linux shell中有特殊意义,它用于将一个命令放入后台执行。mkdir./cut-tag/fastq# ---># QC and pre-processing# --->mkdir-p/h...
CUT&Tag测序应该50 M reads比较好,测序深度不够,要保证覆盖度12G??? for i in `ls *_1.fastq.gz`; do i=${i/_1.fastq.gz/}; printf "${i}" bowtie2 --end-to-end --very-sensitive --no-mixed --no-discordant --phred33 -I 10 -x /mnt/g/linux/chip/gencode/genome \ ...
图5. 单细胞CUT&Tag测序流程(Henikoff,2019) Part III 翌圣CUT&Tag产品重磅上线 翌圣生物CUT&Tag试剂盒相较于传统的ChIP-seq,优化了反应体系和实验操作流程,文库时间更短(仅需7小时),起始样本要求更低,抗体投入量更少,文库产量更高等优点,是蛋白质-DNA互作研究技术的又一颠覆性创新。 1.更高的文库质量。
而且CUT&Tag实验中细胞被固定在磁珠上,整个过程在一根EP管里进行,标记步骤包括染色质剪切和同时插入测序文库接头,适合于高通量实验甚至单细胞实验(scCUT&Tag)。 测序量少 CUT&Tag实验中,最后一步提取的染色质位于兴趣蛋白结合位点附近,分离出的较短DNA序列意味着它没有ChIP-Seq那样的深度测序要求。
CUT&Tag是非常敏感高效的,据报道,它能用60个细胞对组蛋白的一些修饰进行研究。 在ChIP中,超声波随机打断的染色质,经过抗体免疫沉淀下来的DNA,通常长度为几百至几千bp。然而,在CUT&Tag中,转座子只在接近蛋白质结合位点的附近切割染色质,从而使DNA序列长度缩...
CUT&Tag技术的简介 众所周知，染色质免疫沉淀（ChIP）是分析转录因子和辅因子与DNA的结合以及组蛋白和组蛋白修饰在整个基因组中的定位的金标准技术。但是该技术步骤繁琐，耗时长，需要的起始样本量很高，而很多研究很难获得足够量的样本开展该实验。随着二代测序技术的发展，ChIP-seq提高了数据的解读通量，但是ChIP技术...