第五讲——ATAC-seq和CUT&Tag原理与分析, 视频播放量 3678、弹幕量 3、点赞数 34、投硬币枚数 25、收藏人数 176、转发人数 34, 视频作者 菲沙基因, 作者简介 以生物信息学助推生命科学的研究,以基因组医学促进人类健康的发展;,相关视频:第六讲——ATAC-seq上机操作,第
#3. ChIPQC, NSC, RSC #检测ChIP-Seq/ATAC-Seq/CUT-TAg数据的常用R包: ChIP-seq guidelines and practices of the ENCODE and modENCODE consortia ChIP-seq Quality Assessment #ChIPQC因为参考基因组没有植物的所以不能像介绍那样直接出所有图,但可以分开出部分结果 #参考代码: library(DiffBind) library(ggpl...
这一步用的软件有比较经典的MACS2,这个软件可以处理ChIP-seq、ATAC-seq、CUT&TAG等等的数据,需要调整不同的参数。与ChIP-seq不同,ATAC-seq的Tn5转座酶酶切的是染色质开放区域,在TF结合区域的DNA是拉不下来的(反映在峰图上是一个谷,ChIP-seq是一个峰),因此在调整峰值偏移(peak shift)的时候,一般用shift-exte...
1)CUT&Tag更侧重于蛋白-染色质相互作用的研究,可以提供更详细的蛋白-染色质相互作用信息,有助于深入理解蛋白在基因调控中的具体作用机制;而ATAC-seq则主要专注于研究染色质的开放性,即哪些区域对转录因子和其他调控蛋白是可及的,它可以用于研究基因调控网络、细胞类型特异性的染色质状态以及疾病状态下的表观遗传变化。
CUT&Tag技术具有多项优势，包括对组蛋白H3K27me3的研究，通过相同的数据量（8M Reads）进行比较分析，发现CUT&Tag具有最低的背景噪声和最强的信号，实验可重复性也优于ChIP-seq。通过对H3K4me1修饰物的分析，证实了CUT&Tag的灵敏度最高。此外，CUT&Tag技术特别适用于单细胞测序，能够检测基因组范围内...
相反,Cut&RUN和Cut&Tag均具有极低的背景噪声水平,其中Cut&Tag的背景噪音最低。 图2 三种方法背景噪音比较 (2)信号值高,灵敏度好 为了量化三种方法的敏感性,作者分别检测了三种方法不同测序深度下峰的富集效率图,发现Cut&Tag可以更快地填充低测序深度的峰,其中约2M Reads相当于Cut&RUN的8M Reads或ChIP-seq的...
，利用MeRIPseq鉴定了胰腺癌细胞的超级增强子表达seRNA-m6A含量远大于正常细胞。进一步通过CUT&Tag和ATACseq对这一基因表达的关键转录因子CFL1，即胰腺癌细胞高表达m6A甲基转移酶METTL3的协同因子进行研究。文章结果为研究癌症中基因表达提供了一个新的方向。文中CUT&Tag、ATAC-seq和MeRIP-seq由嘉因生物协助完成。
CUT&Tag技术，作为一种创新的蛋白质-DNA交互研究方法，相较于传统的ChIP-Seq，展现出显著的优势。它通过将高活性转座酶与protein AG抗体融合，实现在目标位点精确打断并引入接头序列，无需超声打断和复杂的连接步骤。CUT&Tag只需要较少的细胞量（100-10000个）就能得到高信噪比和可重复性更好的结果，特别...
一、CUT&Tag技术发展历程 ChIP-Seq (Chromatin Immunoprecipitation Sequencing) 因能真实、完整地反映靶蛋白与DNA序列的结合情况,因而成为一直以来研究DNA-蛋白相互作用的经典方法。但ChIP-Seq继承了ChIP的难点与局限性:需要大量细胞投入(106-107),甲醛交联易导致假阳性或假阴性,对染色质的完整性、免疫沉淀抗体的特异性...
CUT&Tag 3.0，一项革新性的蛋白质-DNA交互研究技术，旨在简化Chip-seq流程。该技术利用高活性转座酶融合蛋白AG抗体，实现对特定位点的精准定位并引入测序接头，无需超声打断和额外接头连接步骤。相比传统ChIP-Seq，CUT&Tag所需的细胞量大大减少（仅为100-10000个细胞），从而提升信噪比，增强可重复性，...