CUT&Tag技术具有许多优势，如信噪比高，可重复性好，细胞投入量低等。
ChIP-Seq与CUT&Tag的优缺点比对如下: Cut&Tag是蛋白质-DNA互作关系研究的新方法,相较于传统的ChIP-Seq具有以下优点:所需细胞量少,背景信号低,可重复性好,无需ChIP级别抗体等优点,甚至可用于单细胞水平测序。Cut&Tag技术可从基因组范围内检测组蛋白、RNA polymerase II和转录因子等蛋白质结合的DNA区端,应用于临床...
4）测序深度更低：CUT&Tag使用较低的测序量即可实现与ChIP-seq相当的实验结果。6.局限性：虽然CUT&Tag技术具有诸多优势，但并不是所有的靶标都能用CUT&Tag获得优良的数据结果。例如，对于转录因子，由于CUT&Tag使用的是自然状态的细胞，许多转录因子并不大量表达，且与DNA的结合是微弱的、瞬时的，甚至有时还是通过...
另外,Henikoff实验室于2019年又推出了另一种适合更少量细胞、步骤也更简单的染色质结合位点研究方法CUT&Tag, 解决了极少量细胞甚至单细胞的修饰组蛋白分布分析,极大的推动了单细胞水平的表观遗传学调控研究。当然CUT&Tag也有自己的缺点,这是后话,我们后续推文会详细介绍。 2. CUT&RUN原理 跟ChIP的靶点覆盖范围类似,...
更新的CUT&Tag Henikoff实验室去年在Nature Communications还推出了更新的CUT&Taq技术。前面所述CUT&RUN实验获得的DNA片段纯化后需要建库测序,CUT&Taq跟CUT&RUN相比,就是用Tn5代替MNase,切割染色质同时加上建库引物接头——具体来说就是用ProteinA/G-Tn5转座复合物孵育抗体处理过的细胞,Tn5在激活后剪切结合位点两边序列...
在这里,我们描述了Cleavage Under Targets and Tagmentation (CUT&Tag),它是一种酶栓系(enzyme-tethering)策略,提供了高效的高分辨率测序文库来分析不同的染色质成分。在CUT&Tag中,染色质蛋白被一种特异性抗体原位结合,然后将蛋白A - Tn5转座酶融合蛋白栓在一起。转座子酶的激活有效地产生具有高分辨率和极低背景...
(3) CUT&Tag同时绘制因子结合和可接近的DNA 为了确定我们是否可以使用CUT&Tag来绘制转录因子结合的图谱,我们测试了pA-Tn5在转录因子上的栓系是否可以与基因组中可接近的DNA位点区分开来。我们在CUT&Tag反应中使用了NPAT核因子的抗体,NPAT核因子是复制依赖组蛋白基因的转录辅激活因子。NPAT只结合了1号染色体和6号染色...
2. CUT&Tag CUT&Tag全称Cleavage Under Target & Tagmentation,翻译为靶向剪切及转座酶技术,是一种研究蛋白-DNA互作的技术,替代传统的ChIP-seq方法。开头介绍ATAC-seq和CUT&Tag非常相似,原因就在于CUT&Tag也用Tn5转座酶,只不过这个酶是Protein A/G融合的Tn5转座酶。当然,两者研究内容还是不一样的,下面详细说一下...
编者按:CUT&Tag,一天完成实验,一周做完研究,革命性技术代替ChIP-Seq势不可挡! ChIP-Seq是研究细胞内蛋白与DNA互作的重要工具,能在全基因组范围内检测与组蛋白、转录因子等互作的DNA区段。然而,由于ChIP的交联作用/免疫共沉淀的局限性,ChIP-Seq实验需要大量细胞,而实验重复性差,低信号、高背景等缺点,往往辛苦培养...