CUT&Tag是Cleavage Under Targets and Tagmentation(靶向剪切及标签技术)的缩写,可以用来研究组蛋白修饰以及蛋白质与DNA之间的相互作用,该技术利用Tn5转座酶的特点,在切割染色质的同时直接插入接头(adaptor),极大地缩减了建库时间,且对样本量的要求更低,所需的测序深度也更低 (Kaya-Okur et al., 2019)。 CUT&Tag...
作者首先使用snCUT&Tag分析了明恢63水稻种子的H3K4me3组蛋白修饰位点,将snCUT&Tag数据与多细胞核CUT&Tag和eChIP-seq数据进行比较,发现snCUT&Tag是一种可以用来描绘单个细胞核染色质特征的可靠方法(b-f),随后作者利用H3K4me3 snCUT&Tag数据预测了细胞类型特异的染色质互作,通过降维和聚类将水稻幼苗中的细胞分为17个...
图3 CUT&Tag与ChIP样品的相关性分析。 二、分辨率(测序深度) 为了分析CUT&Tag和ChIP的数据的信号分辨率,每个样品随机选取6M-24M的clean data,分别call peak后发现CUT&Tag实验组的两个生物学重复在clean data为6M时,peaks数目分别为42,367和46,779,ChIP仅有18,024条,当ChIP的 clean data达到24M时,peaks数才达到...
CUT&Tag使用Protein A与Tn5转座酶的融合蛋白(ChiTag),在抗体的引导下,Protein A与染色质上的目的组蛋白修饰标记、转录因子或染色质调控蛋白结合,连带的Tn5转座酶对目的蛋白附近的DNA序列进行切割,并将测序接头连接到切割片段的两端(图1),并释放到细胞外,PCR扩增后直接用于高通量测序。 与ChIP-Seq相比,CUT&Tag具有...
在ChIP中，超声波随机打断的染色质，经过抗体免疫沉淀下来的DNA，通常长度为几百至几千bp。然而，在CUT&Tag中，转座子只在接近蛋白质结合位点的附近切割染色质，从而使DNA序列长度缩短。因此即使较低的测序深度（3-5M）也能得到高质量的数据，并且其背景信号比大多数ChIP-seq的背景信号低。原理简介 CUT&Tag技术的...
CUT&Tag是非常敏感高效的,据报道,它能用60个细胞对组蛋白的一些修饰进行研究。 在ChIP中,超声波随机打断的染色质,经过抗体免疫沉淀下来的DNA,通常长度为几百至几千bp。然而,在CUT&Tag中,转座子只在接近蛋白质结合位点的附近切割染色质,从而使DNA序列长度缩短。因此即使较低的测序深度(3-5M)也能得到高质量的数...
首先拿到公司测序得到的fastq文件(Raw Data),上传到服务器的特定文件夹中,例如/home/zyn/cut&tag/fastq 质控 cd/home/zyn/#注意mkdir -p ./cut&tag/fastq报错,是因为&符号在Linux shell中有特殊意义,它用于将一个命令放入后台执行。mkdir./cut-tag/fastq# ---># QC and pre-processing# --->mkdir-p/h...
CUT&Tag是非常敏感高效的,据报道,它能用60个细胞对组蛋白的一些修饰进行研究。 在ChIP中,超声波随机打断的染色质,经过抗体免疫沉淀下来的DNA,通常长度为几百至几千bp。然而,在CUT&Tag中,转座子只在接近蛋白质结合位点的附近切割染色质,从而使DNA序列长度缩...
而且CUT&Tag实验中细胞被固定在磁珠上,整个过程在一根EP管里进行,标记步骤包括染色质剪切和同时插入测序文库接头,适合于高通量实验甚至单细胞实验(scCUT&Tag)。 测序量少 CUT&Tag实验中,最后一步提取的染色质位于兴趣蛋白结合位点附近,分离出的较短DNA序列意味着它没有ChIP-Seq那样的深度测序要求。
CUT&Tag测序应该50 M reads比较好,测序深度不够,要保证覆盖度12G??? for i in `ls *_1.fastq.gz`; do i=${i/_1.fastq.gz/}; printf "${i}" bowtie2 --end-to-end --very-sensitive --no-mixed --no-discordant --phred33 -I 10 -x /mnt/g/linux/chip/gencode/genome \ ...