然后,利用CUT&Tag鉴定RHOX10的靶基因。最后,利用qPCR和EMSA来做功能验证。 结合案例文章,我们可以学习如何利用CUT&Tag解析转录因子功能。首先,根据研究目的确定目的蛋白的特征,比如定位、家族分析、同源分析以及突变体功能分析等。然后,利用CUT&Tag寻找目的基因的靶基因,通常也会联合转录组进行相关基因的表达分析。最后,...
CUT&Tag是蛋白-DNA互作的一大革新技术,它不需要使用甲醛交联以及免疫共沉淀,而是通过针对靶蛋白(如转录因子、染色质重塑蛋白)的抗体和Protein A的介导,使得与Protein A融合的Tn5酶(Tagmentase)在切割DNA片段的同时在序列两端加上测序接头,经PCR扩增后形成可以直接用于高通量测序的文库(具体参考图1)。使用CUT&Tag,可以...
CUT&Tag技术只是对靶蛋白结合的区域进行特异性切割,无关染色质不会被切割,这与随机超声打断基因组DNA的ChIP技术比较大大降低了非特异性片段的掺入。另外,CUT&Tag技术中的转座体是孵育有Illumina平台的测序接头,在打断目的基因片段的同...
CutTag的实现原理基于标签标记语言(如XML、HTML等),它利用了所有标签显式声明位置,通过在标签间插入注释从而去除数据。一般来说,CutTag会在文本中插入一个特殊标记,标记指定需要删除的文本内容的起始点和终止点,然后通过对标记进行处理,实现文本内容的删除。 通常,CutTag技术是由数据的拥有者或相关机构使用的。例如商...
CUT&Tag 是一种新的检测目标蛋白质与染色质 DNA 相互作用的一种技术。CUT&Tag 方法比经典的 ChIP-seq 方法的信噪比提升了10倍以上,并且所需的起始样本细胞的数量少了10倍,实验操作时间只需 1～2 天。 它的核心技术点在于,利用抗体把目标蛋白和基因工程改造过的 Tn5 转座酶吸附在一起,利用 Tn5 酶的转座功能...
CUT&Tag技术的基本原理为:在抗体引导下,ChiTag酶仅在目的组蛋白修饰标志、转录因子或染色质调控蛋白结合染色质的局部进行目的DNA的片段化,同时添加测序接头,并释放到细胞外。由于绝大部分无关的染色质还留在细胞核内,因此整个实验的信噪比大幅提高,同时简化了实验步骤。该方法可一管式高通量应用,并可与单细胞测序平...
并且极大降低了细胞的起始数量。2.CUT&Tag1. 实验原理CUT&Tag是蛋白质与DNA互作的革新技术，无需通过甲醛交联以及免疫共沉淀，其核心技术为pA/G-Tn5 Transposase，将Protein A/G与Tn5转座酶进行融合，使得与抗体结合的同时，Tn5切割核小体上缠绕的DNA片段，获得目的序列。图2....