CUTTAG与转录组关联分析软件是由北京诺禾致源科技股份有限公司著作的软件著作,该软件著作登记号为:2023SR0361104,属于分类,想要查询更多关于CUTTAG与转录组关联分析软件著作的著作权信息就到天眼查官网!
CUT&Tag基础数据自动化分析软件是由武汉影子基因科技有限公司著作的软件著作,该软件著作登记号为:2023SR1344515,属于分类,想要查询更多关于CUT&Tag基础数据自动化分析软件著作的著作权信息就到天眼查官网!
4.homer软件进行peakcalling 步骤: 4.1 比对基因组得到bam文件之后,首先用通过makeTagDirectory这个命令,生成一个文件夹,用法如下详细参考 makeTagDirectory out_dir align.bam findPeaks out_dir / -style factor -o homer.peak.bed (https://www.jianshu.com/p/2e0c884d13d0) #完成peak calling 数据保存在b...
CUT&Tag本身是一种高通量测序技术,zui终所获取的实验结果也是测序文库。CUT&Tag的文库与ChIP-Seq类似,都是200-1000bp左右的文库。测序所得的数据可以用常规的分析软件进行分析,无需特殊的分析软件。一般的实验流程为:细胞与磁珠结合—一抗孵育—二抗孵育—转座体孵育—片段化—DNA提取—PCR构建文库—文库纯化—质检...
可以看到, ChIP-seq技术产生了更多在CUT&Tag技术找不到的peaks,这里作者认为是背景噪音。然后在CUT&Tag技术的两个样品,rep1和rep2的peaks一致性非常好。 从后面的韦恩图也可以看出来: 当然,找到了的peaks,金标准是去igv肉眼看看,如下所示: 数据分析流程是公开的: ...
研究者们做了棉花材料的表观测序,主要是比较最新的技术 cleavage under targets and tagmentation (CUT&Tag)和以前的 chromatin immunoprecipitation with sequencing (ChIP-seq) 技术,结论是 CUT&Tag技术实验流程更快,对peaks的分辨率更高,而且背景噪音更小。
由于上述所列在线工具都是N年前的,所以我们使用ChIPSeeker R包搭建了一个简易的在线peak注释工具,可以对人、大鼠、小鼠的ChIP-seq,ATAC-seq,cut&tag等富集峰进行一键注释。 1,打开绘图页面 首先,使用浏览器(推荐chrome或者edge)打开ChIP-Seq富集峰注释页面。左侧为常见作图导航,中间为数据输入框和可选参数,右侧为描...
- **安装**：访问IGV官网下载对应系统版本的软件，按照提示安装。- **导入**：依次导入基因组、注释文件或创建基因组文件。- **选择track**：导入待分析的TDF/bigwig/bedGraph文件，调整视觉效果，如颜色、数据范围等。- **定位**：使用染色体选择框或输入基因名称精准定位目标基因。- **图像美化**...
qRT-PCR数据显示,Neu2和MyHC的mRNA表达在乳酸(15mM)处理后3天后显著升高,与RNA-seq分析结果一致(图5C)。此外,Neu2蛋白表达在乳酸处理后明显增加(图5D)。根据CUT&Tag测序结果,利用IGV软件展示H3K9la在Neu2基因区域的结合信号,显示乳酸处理后H3K9la的富集在TSS附近的启动子区域中增加(图5E)。随后针对这一区域进行...
可以看到, ChIP-seq技术产生了更多在CUT&Tag技术找不到的peaks,这里作者认为是背景噪音。然后在CUT&Tag技术的两个样品,rep1和rep2的peaks一致性非常好。 从后面的韦恩图也可以看出来: 当然,找到了的peaks,金标准是去igv肉眼看看,如下所示: IGV对peaks进行可视化 数据分析流程是公开的: 可以看到,这个流程基本上跟...