值得注意的是,CUT&Tag分析表明,转录起始位点(TSS)上的组蛋白H3K9la需要HBO1。此外,受调控的Kla可促进关键信号通路和肿瘤发生,通过评估HBO1-敲除(KO)肿瘤细胞的恶性行为以及临床组织中组蛋白H3K9la的水平进一步支持了这一点。此研究表明HBO1作为一种乳酸转移酶介导组蛋白kla依赖的基因转录。 对Hela和HBO1-KO细胞的K...
CUT&Tag（Cleavage Under Targets and Tagmentation）是替换传统的ChIP-Seq来研究蛋白质-DNA互作的新技术。与ChIP相同的是都需要利用抗体识别并结合目标蛋白，不同点在于CUT&Tag技术利用Tn5转座酶与Protein A/G的融合蛋白，把酶引导至与目标染色质结合的抗体。Tn5转座酶预先加上adapter，形成组装的pA/G-Tn5转座体，Tn...
CUT&Tag技术利用一抗靶向结合目的蛋白,二抗孵育放大信号,创新性地使用pAG-Tn5融合蛋白与一抗和二抗结合,在Mg2+条件下精准切割目标区域并进行建库测序分析,实现对DNA-蛋白质互作的捕获和验证。 相比于ChIP技术来说,CUT&Tag技术凭借原位捕获DNA与蛋白质互作的特点,建库更...
图2.CUT&Tag实验流程图。 二、CUT&Tag数据展示 Henikoff等通过传统ChIP-Seq、CUT&RUN、CUT&Tag三种方法对K562细胞中组蛋白修饰H3K27me3进行研究,结果显示,在相同的数据量(8M Reads)情况下,三种方法的染色质景观相似,但ChIP-Seq的...
图1 | CUT&Tag实验流程图 CUT&Tag技术的应用 自从2019年CUT&Tag技术出现,迄今为止已经有多篇论文应用该技术进行组蛋白、转录因子功能研究。例如在拟南芥雄配子发育过程中,H3K27甲基化状态的改变可以影响雄配子体中两个细胞系的命运。H3K27me3通常在含有沉默基因的染色质区域富集。研究人员通过CUT&Tag技术发现拟南芥...
图1 CUT&Tag实验流程图(Kaya-Okur et al., 2019)。 二、CUT&Tag质控 1.CUT&Tag文库质控 CUT&Tag文库的质控是CUT&Tag项目成功的基础,对文库质量进行严格控制可以减少测序成本和生信分析的计算成本。理想的文库质检图是什么样的呢?(如图2所示)可以明显看出两个特征:1)出现不同的峰,分别是约200bp的峰和400bp...
图1 | CUT&Tag实验流程图 CUT&Tag技术的应用 自从2019年CUT&Tag技术出现,迄今为止已经有多篇论文应用该技术进行组蛋白、转录因子功能研究。例如在拟南芥雄配子发育过程中,H3K27甲基化状态的改变可以影响雄配子体中两个细胞系的命运。H3K27me3通常在含有沉默基因的染色质区域富集。研究人员通过CUT&Tag技术发现拟南芥...
图2.CUT&Tag实验流程图。 02 CUT&Tag数据展示 Henikoff等通过传统ChIP-Seq、CUT&RUN、CUT&Tag三种方法对K562细胞中组蛋白修饰H3K27me3进行研究,结果显示,在相同的数据量(8M Reads)情况下,三种方法的染色质景观相似,但ChIP-Seq的背景较高,50M Reads的 ChIP-Seq才能得到与8M Reads CUT&Tag相当的染色质景观。总...
图1.CUT&RUN实验流程图 (Skene et al., 2018)。 2019年,Steven Henikoff团队使用pA-Tn5替代pA-MNase,推出了CUT&Tag(Cleavage Under Targets and Tagmentation)技术,其原理与CUT&RUN类似,首先通过刀豆蛋白A包被的磁珠(ConA beads)吸附细胞(与细胞膜上的糖蛋白结合),通过洋地黄皂苷在细胞膜上“打孔”,在抗体引导...
1.Cut&Tag原理 ChiTag是Protein A蛋白与Tn5转座酶的融合蛋白,当抗体结合目的蛋白(如转录因子、组蛋白等)后,Protein A蛋白可直接结合抗体,携带的Tn5转座酶可特异性的切割目的蛋白附近的DNA片段,并将DNA片段连上接头,文库构建后进行高通量测序。 图1 Cut&Tag实验流程图 ...