利用CUT&RUN分析小鼠胚胎脑中H3K27me3, Ezh2 (PRC2亚基)和Suz12 (PRC2亚基)数据中IGV视图展示 参考文献:Matsui Y, Peng JC. CUT & RUN to Profile Chromatin-Bound Proteins in Primary Mouse Neural Progenitor Cells. Methods Mol Biol. 2023; 2599: 99-111. doi: 10.1007/978-1-0716-2847-8_8 CUT&...
CUT&RUN的主要步骤是首先将细胞通透化,随后加入目的蛋白抗体特异性的结合在目的蛋白处,并招募和protein A/G偶联的微球菌核酸酶(pA/G-MNase),最后加入Ca²⁺激活MNase活性,切割目标区域的DNA并回收,用于qPCR检测或NGS建库测序。 CUT&RUN实验流程: 1. 收获细胞并和beads结合: 收获细胞,并且进行细胞计数,推荐起始...
首先,对于CUT&RUN实验本身,其中pA-MNase酶的加入是关键因素,在文章中,作者探究了在500µl的体系中对60万个K562细胞加入不同浓度的pA-MNase消化30分钟后,检测H3K27me3的基因组的荧光强度,结果可以看出CUT&RUN对pAG-MNase的浓度相对不敏感,其中将pA-MNase的浓度提高到约100ng/ml以上,几乎没有其他释放(图2)。...
一般来讲能做ChIP或CUT&Tag的抗体可以用于CUT&RUN,特别是能做CUT&Tag的抗体基本都能用来做CUT&RUN,不过我们确实也发现过某些抗体做ChIP效果很好,但是CUT&RUN效果不太理想。首先建议使用Active Motif CUT&RUN验证抗体中列出的抗体进行CUT&RUN实验,如果没有合适的抗体可供选择,可以优先选择能做ChIP或CUT&Tag的抗体作...
CUT&RUN的原理为利用特异抗体结合目标靶点蛋白,随后用pA-MNase结合抗体进行靶向切割,切割后产生的片段可通过自由扩散进入溶液上清,回收后即可用于建库测序。后续pAG-MNase融合蛋白,高钙/低盐酶切条件和残留大肠杆菌DNA归一化的方法的改进,使得CUT&RUN流程进一步成熟。与传统的X-ChIP-seq相比,CUT&RUN具有多种优点:①CUT...
传统ChIP-seq流程,了解一下:https://github.com/hbctraining/Intro-to-ChIPseq/blob/master/schedule/2-day.md Cut&Run与ChIP-seq的核心区别 pA-Tn5的引入,增强了捕获的特异性,使得起始量需求变少,信噪比变低,需要的数据量变少。改善的信噪比意味着绘制染色质特征所需的 测序量减少了一个数量级 ...
图1. CUT&RUN 操作流程图(来自#86652说明书) Cell Signaling Technology® (CST)优化后的 CUT&RUN 的操作流程如下: 抗体& pAG-MNase 结合: 1. 细胞固定结合在 Concanavalin A 包被的磁珠上,以进行后续缓冲液和试剂的交换处理。 2. 细胞膜用洋...
最小化背景: 在目标蛋白质/DNA复合物的两端原位切割未结合的DNA序列,能够最小化免疫捕获的背景,允许进行少于1000万次读取的测序数据分析。 快速、流程简化的程序: 从细胞到文库DNA的程序不到3小时。 高度便捷: 试剂盒包含了CUT&RUN每个步骤所需的所有组分,因此EpiNext? CUT&RUN Fast试剂盒是最方便的,能够提供可...
使用DiffBind进行差异peaks分析 setwd("/home/zhangyina/zbw_cut-tag/7.peakcalling_last")getwd()library(DiffBind)packageVersion("DiffBind")#首先构建一个metadata.csv文件,bamReads是去除重复、过滤好的bam文件,Peaks是calling peak步骤生成的,Peacaller是识别peak用的工具,ControlID,bamControl填空即可,如图所示#读...