如图1所示,该技术和CUT&RUN一样,都是利用刀豆素A磁珠(ConA磁珠)来捕获细胞,但是该方法是通过转录因子等蛋白特异性抗体引导Protein A/G-Tn5转座酶对目标染色质区域进行切割,同时在序列两端加上测序接头,通过PCR扩增后形成用于高通量测序的文库。 图1.CUT&Tag原理。 Tn5转座酶工作原理: 如图2所示,当转座事件发生时,...
1. CUT&Tag 具有更好的信噪比和更低的背景: Henikoff等人在对组蛋白H3K27me3进行研究时对比使用了ChIP-seq、CUT&RUN、CUT&Tag三种方法。通过相同的数据量(8M Reads)进行比较分析发现,三种方法对应的染色体景观相似,但是ChIP-seq需要更高的测序深度才能达到去背景噪音的效果,而CUT&Tag有最低的背景噪声和最强的信号。
一般来讲能做ChIP或CUT&Tag的抗体可以用于CUT&RUN,特别是能做CUT&Tag的抗体基本都可以用来做CUT&RUN,不过我们确实也发现过某些抗体做ChIP效果很好,但是CUT&RUN效果不太理想。我们首先建议使用Active Motif CUT&RUN验证抗体列出的抗体进行CUT&RUN实验, 如果没有合适的抗体可供选择,可以优先选择能做ChIP或CUT&Tag的抗...
由于省去了体外接头连接步骤,CUT&Tag可以节省您宝贵的时间,让您在更短的时间内进行蛋白质-DNA相互作用研究。 图1:CUT&Tag 实验原理 CUT&Tag为何与众不同? 虽然ChIP仍然是研究蛋白质-DNA相互作用的主要方法,但随着新的研究工具的出现,例如CUT&RUN以及CUT&Tag,传统ChIP-Seq实验需要大量样品,重复性差、高背景等问...
CUT&RUN 與 CUT&Tag 技術原理 CUT&RUN CUT&RUN 是 Henikoff 實驗室基於 ChIC (chromatin immunocleavage) 技術改良而成。在 ChIC 技術中,樣本不需要經過超音波破碎,而是透過將微球菌核酸酶 (micrococcal nuclease, MNase)引導至目標蛋白質處(例如:組蛋白 (histones) 或轉錄因子 (transcription factors, TF)),使...
1.Cut&Tag原理 ChiTag是Protein A蛋白与Tn5转座酶的融合蛋白,当抗体结合目的蛋白(如转录因子、组蛋白等)后,Protein A蛋白可直接结合抗体,携带的Tn5转座酶可特异性的切割目的蛋白附近的DNA片段,并将DNA片段连上接头,文库构建后进行高通量测序。 图1 Cut&Tag实验流程图 ...
CUT&RUN(目标下切割与释放使用核酸酶)和CUT&TAG(目标下切割与标记)是为有限生物材料的蛋白-DNA相互作用图谱开发的方法。虽然它们显著提高了图谱分辨率,但两者都成本高昂。此外,CUT&RUN需要昂贵的PA/Mnase融合蛋白,这种蛋白对A/T序列有显著偏好,导致目标蛋白相互作用的DNA区域图谱严重受到MNase消化水平的影响。除了与CU...
1)实验原理 CUT&Tag是蛋白质与DNA互作的革新技术,无需通过甲醛交联以及免疫共沉淀,其核心技术为pA/G-Tn5 Transposase,将Protein A/G与Tn5转座酶进行融合,使得与抗体结合的同时,Tn5切割核小体上缠绕的DNA片段,获得目的序列。 图2. CUT&Tag原理图 2)实验流程 利用连有刀豆蛋白A的磁珠(ConA)结合细胞(与细胞...
CUT&RUN的原理为利用特异抗体结合目标靶点蛋白,随后用pA-MNase结合抗体进行靶向切割,切割后产生的片段可通过自由扩散进入溶液上清,回收后即可用于建库测序。后续pAG-MNase融合蛋白,高钙/低盐酶切条件和残留大肠杆菌DNA归一化的方法的改进,使得CUT&RUN流程进一步成熟。与传统的X-ChIP-seq相比,CUT&RUN具有多种优点:①CUT...