CUT&RUN-qPCR:尽管CUT&RUN技术可能需要额外的优化步骤,但其高灵敏度和低背景噪声使得其在许多情况下成为理想的替代方案。总体上,CUT&RUN的实验成本可能较高,但在需要高分辨率数据的研究中是值得的。 传统ChIP-qPCR:ChIP-qPCR是一种成熟的技术,通常在实验设计和优化方面更为成熟,但在某些应用场景下可能无法提供与CUT...
Henikoff实验室去年在Nature Communications还推出了更新的CUT&Taq技术。前面所述CUT&RUN实验获得的DNA片段纯化后需要建库测序,CUT&Taq跟CUT&RUN相比,就是用Tn5代替MNase,切割染色质同时加上建库引物接头——具体来说就是用ProteinA/G-Tn5转座复合物孵育抗体处理过的细胞,Tn5在激活后剪切结合位点两边序列同时能加上测序...
核酸酶靶向切割和释放 (CUT&RUN) 是一项可用于染色质分析的新技术。 2. 它是如何工作的? CUT&RUN 是一种使用靶标特异性一抗和Protein A - Protein G - 微球菌核酸酶 (pAG-MNase) 分离特异性蛋白-DNA 复合体的体内方法[1, 2, 3]。从细胞到...
2017年,美国Fred Hutchinson癌症研究中心的Steven Henikoff团队基于ChIC技术开发了CUT&RUN(Cleavage Under Targets and Release Using Nuclease)技术,其主要原理是:细胞经过洋地黄皂苷(digitonin)透化处理后与目标抗体孵育,抗体进入细胞与目的蛋白结合;细胞再与protein A/G-MNase孵育,加入Ca2+激活MNase,切割目的蛋白结合位点...
1、CUT&RUN的工作原理 CUT&RUN是对CHIP实验的革新性技术,其改进点在于观察到核的轻微MNase处理释放单核小体和TF-DNA复合物,留下寡核小体。TF两侧的定向裂解将把TF-DNA复合物释放到上清液中,将剩余的基因组留在沉淀的核中。通过在冰上进行简短的消化反应,我们可以在TF结合的MNase扩散到周边的基因组和裂解可接近...
色质酶切测序技术CUT&RUN和CUT&Tag展现出操作简单，背景低，可重复性高和要求的细胞起 始量低等优点，有替代ChIP-seq进行蛋白-染色质相互作用研究的潜力，并有效提高了单细胞ChIP- seq的可行性。本文将就这类靶向染色质进行酶切测序的主要技术的发展和应用现状做简要综述。【关键词】CUT&RUN;CUT&Tag;单细胞；...
图1.CUT&RUN实验流程图 (Skene et al., 2018)。 2019年,Steven Henikoff团队使用pA-Tn5替代pA-MNase,推出了CUT&Tag(Cleavage Under Targets and Tagmentation)技术。其原理与CUT&RUN类似,首先通过刀豆蛋白A包被的磁珠(ConA beads)吸附细胞(与细胞膜上的糖蛋白结合),通过洋地黄皂苷在细胞膜上“打孔”,在抗体引导...
CUT&RUN技术优势 不需要固定:传统的ChIP需要先进行甲醛固定,而CUT&RUN利用包被有刀豆素A的磁珠,特异性的结合细胞表面糖基化修饰分子捕获细胞。 所需细胞量少:传统的ChIP需要大约100-1000万个细胞,而CUT&RUN实验仅需50万个细胞。 测序背景低:传统的ChIP需...
CUT&RUN技术的应用: 转录因子结合位点分析:通过CUT&RUN技术,研究者可以精确地识别特定转录因子在基因组中的结合位点。 组蛋白修饰研究:CUT&RUN技术也可以用于研究组蛋白修饰在基因调控中的作用,揭示其在不同基因区域的分布。 疾病相关基因调控:在疾病相关的基因调控研究中,CUT&RUN技术可以帮助识别疾病相关的基因调控网...
CUT＆RUN（核酸酶靶向切割和释放）是一项用于在细胞天然染色质环境下检测蛋白-DNA相互作用的强大通用技术。这种测定方法可用于检测与基因组某个特定区域有关的多种蛋白，或相反，用于检测与某种特殊蛋白有关的基因组的多个区域。此外，CUT&RUN技术可用于明确某种特殊蛋白-DNA相互作用的空间和时间关系。例如，CUT＆RUN...