CTCF(Chromatin Transcription Factor CTF)是一种广泛存在于真核生物中的转录因子,它通过与DNA序列的特定区域结合,影响基因的表达水平。CTCF的活性受到多种因素的影响,包括DNA序列、基因表达水平、蛋白质-蛋白质相互作用等。其作用涉及到细胞增殖、分化、凋亡等多个生物学过程。 三、结合位点预测方法 要预测转录因子CTCF...
CTCF是一种具有多种功能的转录因子,其作用涉及染色质结构、基因表达调控等多个方面。CTCF的DNA结合位点通常具有特定的序列特征和空间结构特征。因此,对CTCF的活性结合位点的预测需要从序列和结构两个方面进行考虑。 三、结合位点预测方法 1.序列分析方法 序列分析方法主要是基于已知的CTCF结合位点的序列特征,利用生物信息...
为解析植入前胚胎中CTCF建立动态的检测,合作团队利用核酸酶靶向切割和释放(cleavage under target and release using nuclease,CUT&RUN)技术, 获取了从配子到囊胚过程多个时间点的CTCF结合位点数据,并结合同阶段的核小体排布数据以及已发表的...
CTCF是一种具有多种功能的转录因子,广泛存在于真核生物的细胞中。它通过与DNA序列的特定区域结合,调控基因的表达。CTCF的活性结合位点通常具有特定的序列特征和结构特征,这些特征为预测其结合位点提供了依据。 三、转录因子CTCF活性结合位点的预测方法 1.生物信息学方法:通过分析基因组序列,利用生物信息学软件和算法,识...
三、转录因子结合位点的预测方法 为了预测转录因子CTCF的活性结合位点,研究者们开发了多种预测方法。这些方法主要包括基于序列的方法、基于结构的方法以及基于机器学习的方法。 1.基于序列的方法:通过分析DNA序列中的特定模式或序列基序来预测转录因子的结合位点。这些模式或基序可能与转录因子的DNA结合域相互作用。 2.基...
CTCF是一种多功能的锌指蛋白转录因子,广泛存在于不同物种中,参与了许多生物过程的调控。它具有特定的DNA结合序列和基因调控机制,能够与DNA序列的特定区域结合,从而影响基因的表达。CTCF的活性结合位点通常位于基因的启动子区域或内含子区域,通过与其他蛋白质或RNA的相互作用来调节基因的表达。 三、转录因子结合位点的预测...
通过分析CTCF的生物学特性和已知的基因组数据,结合生物信息学和计算生物学的方法,预测CTCF在特定细胞中的结合位点,为研究基因表达调控机制和疾病发生发展过程提供理论基础。 一、引言 转录因子是调节基因表达的关键因素,在细胞生长、发育和疾病过程中发挥重要作用。CTCF(CCCTC-binding factor)是一种广泛存在于哺乳动物细胞...
通过分析CTCF的生物学特性和已知的基因组数据,结合生物信息学和计算生物学的方法,预测CTCF在特定细胞中的结合位点,为研究基因表达调控机制和疾病发生发展过程提供理论基础。 一、引言 转录因子(TFs)是调节基因表达的关键因素,它们通过与DNA序列的结合来调控基因的转录活性。CTCF(CCCTC-binding factor)是一种广泛存在于...
通过整合生物信息学方法、实验验证及统计学分析,我们成功地预测了CTCF在不同细胞类型中的潜在结合位点,为进一步研究CTCF在基因表达调控中的作用提供了有力支持。 一、引言 转录因子在基因表达调控中起着至关重要的作用,而CTCF(CCCTC-binding factor)作为一种重要的转录因子,在细胞发育、组织特异性基因表达等方面发挥着...
每个细胞内有约5万个CTCF蛋白结合位点,即超过1百万组CTCF位点互相临近并可能形成相互作用。然而ChIA-PET实验发现其中只有不到5%的CTCF环可被观测。因而解释CTCF相互结合的特异性是一个有挑战性的问题。另一方面,目前普遍认为,TAD和CTCF环都是由Cohesin蛋白通过环挤压机理形成的。然而大部分的计算模拟都只展示了环挤压模...