Tn-Seq技术是一种广泛应用于细菌基因组功能注释的技术,其原理是在目标菌中建立转座子突变文库后,利用高通量测序技术对细菌的全基因组进行功能分析。当转座子插入到维持细菌生长和存活的必需基因的核心区域时会造成细菌致死表型,Tn-seq技术通过构建复杂的随机转座子插入文库,并对每一个突变体进行测序分析,可以高效鉴定...
分析了来自ENCODE数据库的染色质免疫沉淀和测序(ChIP-seq)数据，确定了34个与PIK3R5启动子TSS附近相互作用的转录调控因子，在编码这34个转录调控因子的基因中，SPI1和ASH2L是全基因组CRISPRi筛选的核心依赖基因，因此研究人员假设其中一种转录调节因子可能控制PIK3R5的激活。研究人员分别敲除SPI1和ASH2基因，测量PIK3...
通过阵列表型分析和汇集的 scRNA-seq 方法对 CRISPRa 命中进行跟踪，可以对关键筛选命中进行精确的功能表...
增强子活性(A)取远端候选元素核苷酸序列上DHS和H3K24ac ChIP–seq 的几何平均值,这两个参数被用于识别增强子。 接触频率(C)取5 kb分辨率下,远端候选元素E与目标基因G上启动子之间的由Hi-C实验法测得的KR归一化接触频率。 图2 ABC score计算过程 3 结果 3.1 使用CRISPRi-FlowFISH识别目标基因的调控元素 Fulco...
为了设计用于CRISPRi/a筛选的局限性疾病相关基因库,我们接下来对已发表的来自载体和多柔比星处理的iCMs的RNA-seq数据集进行了深入的相关性分析。我们的目的是确定以下七类常用基因集(可药用基因组、癌症/凋亡、应激/保护稳态、线粒体/运输/流动性、基因表达、膜蛋白及其他)中哪些受到DIC的显著干扰。我们发现,多柔...
注:该产品未在中华人民共和国食品药品监督管理部门申请医疗器械注册和备案,不可用于临床诊断或治疗等相关用途。 店铺推荐 蛋白组学服务介绍 面议咨询 iTRAQ/TMT 相对定量蛋白组 面议咨询 生物信息学分析/基因表达分析/生信分析 面议咨询 Agilent 甲基化捕获测序(MC-seq) 面议咨询...
67.在一些实施例中,本公开教导了插入部分,其中所述ctag中的一或多个选自由seq id no:65‑74、78‑81和其组合组成的组。68.在一些实施例中,本公开教导了一种调节一或多个宿主细胞基因的表达的高通量方法,所述方法包括将本公开的重组模块化crispr dna构建体引入宿主细胞中的步骤;其中引导rna的dna靶位点位于...
它的基本原理就是在体外模拟细胞内 DNA 复制的条件,最终完 成特定基因的体外复制。PCR 实验基本由变性、退火、延伸三个步骤完成。 1.变性。变性的目的是使模板 DNA 双链解旋成为单链以便与引物结合,通常给它加温至 95℃ (这是 Taq 酶进行 30 个左右的循环后活力不致受到过多损失时能耐受的最高温度)。模板 ...
(74)专利代理机构 重庆乐泰知识产权代理事务 所(普通合伙) 50221 代理人 刘佳 (51)Int.Cl.C12N 15/78(2006.01)C12N 15/90(2006.01)C12R 1/385(2006.01) (54)发明名称 一种铜绿假单胞菌CRISPRi系统的构建方法 (57)摘要 本发明公开了一种铜绿假单胞菌CRISPRi系统的构建方法，该方法包括选择一个...