Tn-Seq技术是一种广泛应用于细菌基因组功能注释的技术,其原理是在目标菌中建立转座子突变文库后,利用高通量测序技术对细菌的全基因组进行功能分析。当转座子插入到维持细菌生长和存活的必需基因的核心区域时会造成细菌致死表型,Tn-seq技术通过构建复杂的随机转座子插入文库,并对每一个突变体进行测序分析,可以高效鉴定...
5. 与客户沟通确认。 ATAC-Seq简单原理及技术目标: 1,已知DNA序列标签的转座子复合物转座酶Tn5,在细胞核裂解液中进行IP富集开放染色质的DNA后,构建高通量NGS测序的文库;进行高通量测序及基因组序列匹配分析。 2,ATAC-seq的测序结果,和基于组蛋白修饰marker的ChIP-seq有较高的吻合程度。但比ChIP-Seq、MNase-seq...
分析了来自ENCODE数据库的染色质免疫沉淀和测序(ChIP-seq)数据，确定了34个与PIK3R5启动子TSS附近相互作用的转录调控因子，在编码这34个转录调控因子的基因中，SPI1和ASH2L是全基因组CRISPRi筛选的核心依赖基因，因此研究人员假设其中一种转录调节因子可能控制PIK3R5的激活。研究人员分别敲除SPI1和ASH2基因，测量PIK3...
通过阵列表型分析和汇集的 scRNA-seq 方法对 CRISPRa 命中进行跟踪，可以对关键筛选命中进行精确的功能表...
上述本发明的方法,所述未知功能的必需基因,其代表性为PA0715,其对应的sgRNA的核苷酸序列如SEQIDNO.2所示,序列中第bp13-15核苷酸是PAM序列,而第bp16-40核苷酸为靶标序列。 在一具体实施方案中,本发明的在铜绿假单胞菌中构建CRISPR-dCas9系统的方法,将上述设计的gRNA插入到CRISPR-dCas9系统,构建CRISPRi文库,验证...
增强子活性(A)取远端候选元素核苷酸序列上DHS和H3K24ac ChIP–seq 的几何平均值,这两个参数被用于识别增强子。 接触频率(C)取5 kb分辨率下,远端候选元素E与目标基因G上启动子之间的由Hi-C实验法测得的KR归一化接触频率。 图2 ABC score计算过程 3
为了设计用于CRISPRi/a筛选的局限性疾病相关基因库,我们接下来对已发表的来自载体和多柔比星处理的iCMs的RNA-seq数据集进行了深入的相关性分析。我们的目的是确定以下七类常用基因集(可药用基因组、癌症/凋亡、应激/保护稳态、线粒体/运输/流动性、基因表达、膜蛋白及其他)中哪些受到DIC的显著干扰。我们发现,多柔...
6.与本申请相关的序列表以文本格式提供以代替纸质副本并且在此通过引用的方式并入本说明书。含有序列表的文本文件的名称是zymr_030_01wo_seqlist_st25.txt。文本文件为799kb、创建于2019年8月14日并且通过efs ‑ web以电子方式提交。 技术领域 7.本公开涉及用于在体外进行引导的基因序列编辑的系统、方法和组合...
rna-seq数据来源于两组独立的生物重复样本。 图5是根据本发明实施例的基于crispri的条件性失活syt1能改变小鼠海马齿状回的兴奋性/抑制性平衡的结果图, 其中,(a)图示神经元亚型特定的crispri条件性失活系统的组成。小鼠camkiiα启动子(pcamkiiα)和vgat启动子(pvgat)分别驱动dcas9-krab在谷氨酸能和gaba能神经元...