功能性确认的CRE-基因联系:通过在特定的细胞类型(如K562细胞)中进行大规模的CRISPRi筛选,研究人员能够识别并确认CRE与特定基因之间的直接联系。 设计和分析的技术建议:根据对不同CRISPR筛选方法的比较和分析,研究提供了针对如何设计和执行CRISPRi筛选的技术建议,以及如何解析结果以加速非编码基因组的功能性特征研究。 提...
一、CRISPRi筛选可以识别影响侵袭的lncRNA 研究人员使用了CRISPRi进行基因敲除,以筛选和鉴定影响体外胶质瘤细胞侵袭的lncRNA。他们通过将U87特异性 CRISPRi 文库包装到慢病毒中,并转导到稳定表达 dCas9-KRAB 的 U87 细胞中,从中筛选获得1000 倍覆盖率的sgRNA。使用嘌呤霉素筛选感染细胞,并将其接种到 Matrigel Boyd...
中国科学院天津工业生物技术研究所王钰研究员与德国比勒费尔德大学(Bielefeld University)Volker F. Wendisch教授等在Engineering Microbiology上发表了标题为“Genome-scale CRISPRi screening: A powerful tool in engineering microbiology”的综述论文,...
综上所述,研究人员使用CRISPRi筛选技术结合了无偏的基因组范围筛选和功能性分析,在BPDCN(浆细胞样树突细胞肿瘤)和其他急性白血病(包括AML和ALL)的高风险亚群中,发现了对PI3Kγ复合体的选择依赖性,揭示p21 (RAC1) 激活激酶1 (PAK1) 作为PI3Kγ的一个非典型底物,为急性白血病提供了新的治疗靶点。原文链接:...
最近,美国南加州大学凯克医学院研究员在PLOS GENETICS杂志上发表关于筛选调节胶质母细胞瘤的长链非编码RNA的最新成果“CRISPRi screen of long non-coding RNAs identifies LINC03045 regulating glioblastomainvasion”。编码基因是胶质母细胞瘤(GBM)的侵袭研究的主要对象,但是长链非编码RNAs(lncRNAs)由于表现出高度的细胞类...
最近,美国南加州大学凯克医学院研究员在PLOS GENETICS杂志上发表关于筛选调节胶质母细胞瘤的长链非编码RNA的最新成果“CRISPRi screen of long non-coding RNAs identifies LINC03045 regulating glioblastomainvasion”。编码基因是胶质母细胞瘤(GBM)的侵袭研究的主要对象,但是长链非编码RNAs(lncRNAs)由于表现出高度的细胞类...
在这项多中心整合分析的非编码CRISPRi筛选研究中,研究人员基准测试了五种筛选分析工具,旨在确定哪种工具在鉴定cis-调控元件(CREs)时最为有效和可靠。 在现代生物医学研究中,了解基因调控机制对于揭示生命过程和疾病发生的本质至关重要。尽管编码区(即基因)的研究已取得了显著进展,但非编码区域,占据了人类基因组大部分...
功能性确认的CRE-基因联系: 通过在特定的细胞类型(如K562细胞)中进行大规模的CRISPRi筛选,研究人员能够识别并确认CRE与特定基因之间的直接联系。 设计和分析的技术建议: 根据对不同CRISPR筛选方法的比较和分析,研究提供了针对如何设计和执行CRISPRi筛选的技术建议,以及如何解析结果以加速非编码基因组的功能性特征研究。
图1 全基因组CRISPRi筛选鉴定了BPDCN对PI3Kγ的选择性依赖性 二、PIK3R5表达与先天免疫应答信号(IIRS)相关,可被先天炎症信号激活 为了进一步确定PI3Kγ复合物依赖性,研究人员测试了AML、ALL和BPDCN PDX模型对PI3Kγ抑制的易损性。所有PIK3R5表达升高的白血病都对eganelisib敏感,而PIK3R5表达低的白血病则不敏感,表...
最近,美国南加州大学凯克医学院研究员在PLOS GENETICS杂志上发表关于筛选调节胶质母细胞瘤的长链非编码RNA的最新成果“CRISPRi screen of long non-coding RNAsidentifies LINC03045 regulating glioblastomainvasion”。编码基因是胶质母细胞瘤(GBM)的侵袭研究的主要对象,但是长链非编码RNAs(lncRNAs)由于表现出高度的细胞类型...