CRISPR screen(也称为CRISPRi/a)技术,使分子生物学家能够根据其中的意图定向改变目标基因表达,以检测其功能。这种技术可以帮助全面理解基因的功能,比如商品化的病毒或新药的研发,以及更深入的探索转录网络的基础生物学机制。 CRISPR screen是通过向细胞中添加一个带有调节剪切剂(Cas9或其他Cas酶)的细菌CRISPR模板序列,这...
哺乳动物CRISPR screen通常将混合的gRNA文库通过慢病毒大量转染到培养的细胞中，这种方法极大地促进了全基因组分析。在植物中，可以通过混合农杆菌进行类似于哺乳动物CRISPR screen的混合策略去侵染植物。在哺乳动物中，混合转染策略的关键点是必须保证一个细胞接收一个gRNA，否则多个sgRNA的存在将导致多重编辑。农杆菌和慢...
CRISPR-Cas9基因编辑技术就是通过人工设计的 sgRNA(guide RNA)来识别目的基因组序列,并引导 Cas9 蛋白酶进行有效切割 DNA 双链,形成双链断裂,损伤后修复会造成基因敲除或敲入等,最终达到对基因组DNA 进行修饰的目的。其机理如下图所示。 图一:CRISPR原理 https://zhuanlan.zhihu.com/p/137760447 https://www.jian...
CRISPR screen 接下来,学习一下CRISPR技术的一个应用——CRISPR基因筛选 利用功能缺失的策略进行的高通量遗传筛选,是研究人员快速寻找调控特定表型的重要或关键基因的主要方法。CRISPR基因筛选,可以通过 CRISPR gRNAs 靶向不同细胞中成百上千各异的基因,然后通过实验筛选编辑细胞,gRNA 可以帮助确定哪些基因对于生物学作用机...
CRISPR Screen是一种高通量筛选技术,用于系统性地分析基因功能和基因网络。CRISPRi和CRISPRa在CRISPR screen中的应用非常广泛和重要。这两种技术通过精确调控基因表达,为功能基因组学研究提供了强大的工具。 (1)功能基因组学研究 CRISPRi/a技术可以用于全基因组筛选,以识别影响细胞生长、存活或特定表型的基因。在CRISPR...
原理 Nature Genetics:CRISPR Screen结合生化筛选获得功能基因 也很简单,就是gRNA侵染,然后按marker筛选Clone,然后做差异对比。比如抑制differentiation的gene KO应该富集在KRT20高表达的细胞里。 2023年02月27日 第一代perturb-seq:CROP-seq https://www.bocklab.org/resources/crop-seq ...
在Nature上发表题为“CRISPR screen in regulatory T cells reveals modulators of Foxp3”的文章,通过在小鼠Treg细胞中进行CRISPR筛选,发现了新的影响Treg中Foxp3蛋白稳定性的调控因子Usp22和Rnf20,并阐述了其中机制。 3、代谢通路调节机制分析 CRISPR-Cas9技术在人体代谢调控中也有相关成果。来自美国哈佛大学医学院、...
然后隆重介绍最近出来的CIRCLE-seq[2],虽然是体外检测脱靶效应,但是效果还是很不错的,比GUIDE-seq等方法灵敏多了。其基本原理就是首先将基因组片段化之后环化,然后用Cas9复合物去处理,之后再连上adapter进行PCR靶向扩增(非靶标环状DNA由于不会产生双链断裂,所以无法连接到adapter),最后上机测序(图2)。
该研究通过CRISPR激活筛选(CRISPRa Screen)发现BCL-2和B3GNT2是癌细胞对细胞毒性T细胞产生耐药性的关键驱动因子,抑制这两个蛋白可以增强肿瘤组织对免疫疗法的敏感性。 这一结果表明,CRISPR激活筛选系统有助于阐明耐药途径并确定癌症免疫治疗的潜在靶标。 相信读者对CRISPR-Cas9基因编辑系统并不陌生,其工作原理也十分简单...