对于single cell的常规解法是用来分析细胞的异质性,找到linage发展的规律,但是有人说,这不够fancy,single cell还可以有更强大的功能。他们把他拿来做screen。对于我们刚刚一股脑转染的那一盘细胞,如果我们用来做Single Cell RNA-seq,我们就知道了每一个细胞的transcriptom,和control组比较,就知道了每个细胞的transcriptom...
另一种是在周围找一个一样的绳子，把剪断这截替换掉。
CRISPR screen做成功了一个epigenetic的小library,就直接上genome-wide,还搞出非常复杂fancy的设计,结果证明都是shit,系统灵敏度不行; cutrun直接上BAF各个subunit的抗体,抗体没有优化,这套体系的灵敏度远远不够,数据太dirty,根本无法回答某些具体的问题; 这种新lab的质控的优化基本没有,既没有什么前沿的课题和idea,...
作者通过首先制备CRISPR-Cas9激活文库,然后构建NY-ESO-1抗原高表达的文库细胞株,继而与NY-ESO-1的CAR-T细胞进行共培养,通过瞬时杀伤和长效杀伤的两种筛选方式进行筛选,将筛选后的样本通过CRISPR-Screen进行差异基因初步筛选。在筛选好的差异基因与公共数据库中的数据进行比对后,确定明显差异表达的CD274、MCL1、JUNB、B3G...
前者一般选择CRISPR-KO或CRISPRi系统进行构建,一般来说CRISPR-KO的敲除效果更好,但是对于细胞必需基因(敲除后致死)或者非编码基因(不编码蛋白,无法造成移码)而言,CRISPRi系统是个更好的选择。CRISPRi系统是将催化失活的dCas9与转录抑制因子组成融合蛋白,与靶向基因上游调控区域的gRNA共转染实现基因敲降。如若需要进行...
他们把他拿来做screen。对于我们刚刚一股脑转染的那一盘细胞,如果我们用来做Single Cell RNA-seq,我们就知道了每一个细胞的transcriptom,和control组比较,就知道了每个细胞的transcriptom发生的改变。 那如何知道我们对每个细胞施加的干预是什么呢?每个细胞里转进了几个guide RNA,每个guide是什么呢?很简单,给每一个gui...
Cas9-2hitKO系统中涉及到的载体 为了达到⾼效的敲除效率，我们在同⼀个载体重引⼊cas9 酶和两个向导性RNA。整个系统包括 3个载体： PX458M ，PX459M和EZ-GuideXH。PX458M ，PX459M 除了含有Cas9和⼀个向 导性RNA插⼊位点，还引⼊第⼆个向导性RNA插⼊位点。EZ-GuideXH是为插⼊第⼆个向导...
前者一般选择CRISPR-KO或CRISPRi系统进行构建,一般来说CRISPR-KO的敲除效果更好,但是对于细胞必需基因(敲除后致死)或者非编码基因(不编码蛋白,无法造成移码)而言,CRISPRi系统是个更好的选择。CRISPRi系统是将催化失活的dCas9与转录抑制因子组成融合蛋白,与靶向基因上游调控区域的gRNA共转染实现基因敲降。如若需要进行...
前者一般选择CRISPR-KO或CRISPRi系统进行构建,一般来说CRISPR-KO的敲除效果更好,但是对于细胞必需基因(敲除后致死)或者非编码基因(不编码蛋白,无法造成移码)而言,CRISPRi系统是个更好的选择。CRISPRi系统是将催化失活的dCas9与转录抑制因子组成融合蛋白,与靶向基因上游调控区域的gRNA共转染实现基因敲降。如若需要进行...