2017年张锋团队在Nature Protocol上在线发表“Genome-scale CRISPR-Cas9 knockout and transcriptional activation screening”文章,详细阐明了如何构建sgRNA library、实验细节及生信分析流程[3]。 目前GeCKO是应用最为广泛的sgRNA文库,如有需求即可在Addgene官网购买。 Broad研究所Langer和Sabatini团队利用另一套算法构建了sgR...
Protocols for CRISPR-Cas9 Screening in Lymphoma Cell LinesGenome-wide screens are a powerful technique to dissect the complex network of genes regulating diverse cellular phenotypes. The recent adaptation of the CRISPR-Cas9 system for genome engineering has......
横坐标为测序深度,纵坐标为 gRNA 累积频率,左下值为累积频率达到10%时对应的 gRNA 数目,左中值为达到90%时对应的 gRNA 数目,Skew Ration 为二者比值。 2 利用MageCK分析CRISPR文库筛选数据 软件参考地址 下载CRIPSR-Screening library list 因为我们利用的是张峰的GeCKO-V2-A文库,所以我们选择Human_GeCKOv2_Library...
1.Backbone 的酶切体系与文章「CRISPR/Cas9 系统操作指南一」一样,不脱磷处理参考图 1 中的操作,脱磷处理参考图 2 中的操作。 2.Oligo 的退火条件也与文章「CRISPR/Cas9 系统操作指南一」一样。 注意:如果载体不脱磷,oligo 不需要磷酸化;载体脱磷参考图 2(FengZhang 提供的 protocol,设计脱磷,可以参考),o...
Cas9 的 COOH 端带有 FLAG tag, 可以 WB 或者 Immunostaining。EFS promoter 被优化的⼩⽽强，极⼤提⾼了慢病毒包装的效率。载体带有 Puromycin 抗性，可以富集转染/感染成功的细胞。参考⽂献：Improved vectors and genome-wide libraries for CRISPRscreening. Sanjana NE, ShalemO, Zhang F. Nat Methods...
CRISPR screening技术 一、CRISPR 全称:Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats【成簇的有规律的间隔短回文重复】 cas蛋白具有解旋酶活性,可以将DNA链解旋,同时具有核酸酶活性,可以切割DNA链;CRISPR/Cas 系统可以识别出外源 DNA,并将它们切断,沉默外源基因的表达。CRISPR/Cas9 利用一段小 RNA 来识别并...
在本研究中，作者利用CRISPR-cas9在内的多种生物信息学工具识别了与Hippo信号通路相关的基因及其对癌症风险的潜在影响。具体研究如下：本文的亮点是使用了Depmap数据库的CRISPR-cas9 screening data，得到的基因是与细胞增殖显著相关的基因，与直接用Hippo通路效果更好。其他的分析则都很普通。结合Depmap数据库进行生信分析...
thaliana. The protocol is based on Agrobacterium-mediated transformation of A. thaliana with transfer DNA constructs containing SaCas9, which is driven by an egg-cell-specific promoter, and two guide RNAs that have been preselected based on their cutting efficiency. In the T1 generation, primary ...
Dual-function chromogenic screening-based CRISPR/Cas9 genome editing system for actinomycetes. Appl. Microbiol. Biotechnol. 104, 225–239 (2020). CAS PubMed Google Scholar Zhang, M. M. et al. CRISPR-Cas9 strategy for activation of silent Streptomyces biosynthetic gene clusters. Nat. Chem. Biol...
We have adapted a pooled-based screening protocol, where lentivirus transduction delivers both the Cas9 endonuclease and the sgRNA to the cells. We used both custom libraries and the GeCK0v2 whole-genome library, comprised of sgRNAs designed to target Cas9 to initial consecutive exons of the ...