其实,lammps也可以进行分子建模,对于一些比较简单的分子模型,使用lammps建模也比较方便。 本文以水球模型为例,介绍lammps分子类结构建模方法。 lammps创建分子的原理是把分子当做一个原子添加到体系中,和添加原子的命令一样,也是create_atoms。 命令语法规则为: create_atoms mol template-ID seed mol:添加分子的关键词 ...
其实,lammps也可以进行分子建模,对于一些比较简单的分子模型,使用lammps建模也比较方便。 本文以水球模型为例,介绍lammps分子类结构建模方法。 lammps创建分子的原理是把分子当做一个原子添加到体系中,和添加原子的命令一样,也是create_atoms。 命令语法规则为: create_atoms mol template-ID seed mol:添加分子的关键词 ...
create_box 1 box bond/types 1 angle/types 1 create_atoms 1 box mol H2O 4928458 mass ...
#在球形区域内填充水分子 create_atoms0regionH2Omolwater3453unitsbox #设置原子摩尔质量 mass116 mass21 #保存模型文件 write_dataH2O.data 1. 2. 3. 4. 5. 6. 7. 8. 9. 10. 11. 12. 13. 14. 15. 16. 17. 18. 19. 20. 结果如图所示: in文件中水分子按照fcc晶格填充,这种方式的优点是填充...
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