RIP实验也证实了IGF2BP2和SOX2 mRNA直接相互作用。TCGA数据库分析发现IGF2BP2和SOX2表达正相关,暗示其潜在的正向调控机制。随后,研究人员通过siRNA抑制IGF2BP2后,发现SOX2蛋白和mRNA表达显著降低,且SOX2下游基因的表达也降低。此外,抑制METTL3可导致IGF2BP2和SOX2转录本之间的直接相互作用受损。
其中myCAFs在CRLM中显著升高，而炎性CAFs（iCAFs）、抗原呈递（apCAFs）和其他CAFs的变化并不明显。在meta-GEO和TCGA队列中，建立了myCAF评分来评估RNA-seq数据中myCAFs的水平。myCAF评分较高的患者主要在III期和IV期诊断为结直肠癌，而myCAF评分较低的患者主要在I期和II期。Kaplan-Meier分析显示，myCAF评分升高...
已有文献报道N6-甲基腺苷(m6A)修饰参与了肿瘤中lncRNAs的稳定和表达。同时,研究团队通过SRAMP网站预测发现多个m6A分散在POU6F2-AS1序列中,而甲基转移酶样3(METTL3)和胰岛素样生长因子2 mRNA结合蛋白2(IGF2BP2)是关键的m6A甲基转移酶“写入器”和“读取器”,于是研究团队对METTL3和IGF2BP2的表达及其与TCGA数据库...
结合三个独立的队列,最终锁定COL12A1、THBS2、S100A8和S100A9四种蛋白,可以作为区分CRC与HC的潜在生物标志物(图2B)。 此外,利用TIMER2.0数据库TCGA公共CRC队列的转录组学数据和HPA数据库的免疫组化(IHC)染色数据进一步证实了COL12A1、THBS2、S100A8和S100A9在CRC中的高表达。总的来看,这四种蛋白有可能将CRC患者与...
根据TCGA和GEO数据集,CRC组织中观察到高NOP14 mRNA表达。根据HPA的免疫组织化学图像,CRC组织中发现了高NOP14蛋白水平。 高NOP14表达水平与CRC患者的预后改善有关。单因素和多因素Cox回归分析表明,高NOP14表达水平是CRC患者的独立保护因素。 PPI网络分析发现了几个与NOP14相互作用的风险基因。GSEA揭示了NOP14的高表达...
癌症基因组图谱计划(TCGA)的研究者收集了295例未接受过放化疗的原发性胃癌患者的组织和血液标本,用不同的分子检测方法进行了分析,对大量检测结果的计算显示,有4种亚型有: (1)半数标本“染色体不稳定”,肿瘤细胞有基因或染色体的冗余或缺失,这类肿瘤有相当数量的基因组扩增,有癌相关基因的拷贝数增加,这个亚型胃癌...
从TCGA、GEO等公共数据库中下载了CRC数据集,包括lncNA-seQ数据、临床数据以及体细胞突变数据等。 综合相关文献,下载了789个氧化应激相关基因。 进行差异表达lncRNA的功能富集分析。 构建并验证预后模型。 分析生物标志物的上下游调控。 探索肿瘤微环境与体细胞突变的关系。🏅...
TCGA数据库中无突变、SMAD4突变而STED2无突变、SETD2突变而SMAD4无突变、SMAD4和SETD2共突变患者的生存期统计。 (2)SETD2缺失促进Smad4Vil-KO;Setd2Vil-KO小鼠肠息肉病的形成 图2:SETD2缺失促进小鼠SMAD4缺失型CRC的形成。 (A) 免疫荧光和免疫组化方法分析SETD2和SMAD4的表达,Western blot分析SETD2、...
对三个独立的CRC队列(香港队列、TCGA 和 GDS4382)中SQLE的mRNA和蛋白表达进行分析,发现在原发性CRC组织中SQLE的 mRNA和蛋白的表达均高于对照癌旁组织。使用Kaplan-Meier曲线和多变量Cox比例风险回归分析评估SQLE对CRC患者预后的影响,结果显示SQLE mRNA的高表达与CRC患者差的预后相关,是CRC疾病特异性预后不良的独立...
对三个独立的CRC队列(香港队列、TCGA 和 GDS4382)中SQLE的mRNA和蛋白表达进行分析,发现在原发性CRC组织中SQLE的 mRNA和蛋白的表达均高于对照癌旁组织。使用Kaplan-Meier曲线和多变量Cox比例风险回归分析评估SQLE对CRC患者预后的影响,结果显示SQLE mRNA的高表达与CRC患者差的预后相关,是CRC疾病特异性预后不良的独立...