CPTAC 原本的数据访问入口在2022年2月已关停,目前已转移到PDC。PDC是一个对蛋白质组学数据进行高质量质控,整合并统一标准,提供高效查询,可视化,分析和下载的平台,有效提升了多组学分析的便利性。CPTAC和ICP,以及其他项目的蛋白组学数据都可以在PDC上查看,分析和下载。 PDC可供下载的文件类型如下,其中大部分是原始文件...
CPTAC 原本的数据访问入口在2022年2月已关停,目前已转移到PDC。PDC是一个对蛋白质组学数据进行高质量质控,整合并统一标准,提供高效查询,可视化,分析和下载的平台,有效提升了多组学分析的便利性。CPTAC和ICP,以及其他项目的蛋白组学数据都可以在PDC上查看,分析和下载。 PDC可供下载的文件类型如下,其中大部分是原始文件...
其中基因组数据包含总计1300+不同类型肿瘤病人的WGS、WES和RNA-seq数据,可通过GDC Data Portal访问,也就是咱们下载TCGA数据库的界面。 蛋白组数据可通过PDC 访问(https://pdc.cancer.gov/pdc/browse),CPTAC数据库用到的蛋白质定量技术主要是基于质谱的检测技术,包括ITRAQ和TMT。 收集的信息如下: 此外,CPTAC数据库...
Proteomic Data Commons (PDC)是NCI最大的基于质谱的肿瘤蛋白质组学数据库，提供高质量质控、整合标准、高效查询、可视化、分析和下载的平台。CPTAC的原数据访问入口在2022年2月关闭，现已转移到PDC。PDC不仅提供原始质谱数据，还通过计算分析，将质谱映射到多肽序列并鉴定蛋白质，便于多组学分析。PDC提供的...
GDC、PDC作为NCI云资源的组成部分，与其他NCI研究数据共享资源完全集成，促进基于云的蛋白质组、基因组和成像数据分析。PDC主要由CPTAC项目驱动，通过强大的数据模型组织数据，保持数据和相关元数据的一致性和完整性，并提供了一个界面以过滤、查询、搜索和可视化蛋白质基因组数据。研究团队还创建了多个门户...
蛋白组数据可通过 PDC(Proteomic Data Commons)访问,CPTAC 数据库用到的蛋白质定量技术主要是基于质谱的检测技术,包括 iTRAQ 和 TMT。此外,CPTAC 数据库还提供了生物样品的元数据和临床数据,例如病人的性别、年龄、癌症类型和临床治疗记录等。分析工具和生物信息学资源包括了一系列数据处理和分析工具等,使得 CPTAC ...
https://pdc.cancer.gov/pdc/browse/filters/primary_site:Breast 包含了完善的统计信息和数据集信息,点击Study ID查看详细信息 我们可以看到每个研究项目的详细信息: 如果我们需要下载原始数据信息点击Files下面的数字 然后点击弹窗的Download下载数据: 批量下载数据请参考:https://pdc.cancer.gov/pdc/faq/Multiple_File...
CPTAC-3 Apart from the Data Browser on the Platform, the aforementioned data is also available on theCPTAC Data Portaland thePDC. CPTAC Data The data labelled as CPTAC in the Data Browser originates from phase 2 of theCPTAC initiative(CPTAC-2) and can also be searched at its primary locat...
CPTAC数据库包含丰富多样的数据，涵盖了基因组测序数据和蛋白组学数据。其中，基因组数据包含了1300+不同类型的肿瘤病人，涉及全基因组测序（WGS）、全外显子测序（WES）和RNA测序（RNA-seq）的数据，可通过GDC Data Portal进行访问。蛋白组数据则通过PDC访问，主要采用质谱检测技术，包括ITRAQ和TMT等定量...
CPTAC 原本的数据访问入口在2022年2月已关停,目前已转移到PDC。PDC是一个对蛋白质组学数据进行高质量质控,整合并统一标准,提供高效查询,可视化,分析和下载的平台,有效提升了多组学分析的便利性。CPTAC和ICP,以及其他项目的蛋白组学数据都可以在PDC上查看,分析和下载。 PDC可供下载的文件类型如下,其中大部分是原始...