CPTAC(clinical proteomic tumor analysis consortium ,临床蛋白质组肿瘤分析协作组) 整合基因组和蛋白组的数据,为从蛋白质层面进行探究提供了丰富的资源。 一、CPTAC的发展历史 美国国家癌症研究所的临床蛋白质组学肿瘤分析协会(CPTAC)创建于2011年,最初仅含有结直肠癌、乳腺癌和卵巢癌的整合蛋白质组学数据,旨在通过应...
CPTAC数据库包含基因组测序数据与蛋白组学数据。其中基因组数据包含总计1300+不同类型肿瘤病人的WGS、WES和RNA-seq数据,可通过GDC Data Portal访问。 蛋白组数据可通过PDC访问,CPTAC数据库用到的蛋白质定量技术主要是基于质谱的检测技术,包括ITRAQ和TMT。 收集的信息如下: 此外,CPTAC数据库还提供了生物样品的元数据和临...
我们分析了来自CPTAC的多组学数据,研究了异常DNA甲基化对信息流的影响,发现了癌症基因的显着改变和不同癌症亚型的独特甲基化模式。此研究为DNA甲基化介导的肿瘤发生提供了深入理解,并为表观遗传疗法提供了见解。 数据来源 研究思路采用了来自临床蛋白质组学肿瘤分析联盟 (CPTAC) 的687名患者的七种癌症类型的多组学数...
CPTAC 从临床队列中生成全面的蛋白质组学和基因组学数据。 CPTAC数据库用到的蛋白质定量技术主要是基于质谱的检测技术,包括iTRAQ(Isobaric tags for relative and absolute quantification)和TMT(Tandem Mass Tags)。iTRAQ是由美国ABI研发的一种体外同种同位素标记的相对与绝对定量技术,TMT则是由Thermo研发的多肽体外标记...
01.CPTAC蛋白质组数据库简介 30:09 02.软件准备 17:32 03.CPTAC数据下载 13:57 04.数据补缺矫正 16:58 05.数据分组 13:00 06.差异分析 12:20 07.symbol转化为id 07:57 08.GO富集分析 12:42 09.GO圈图绘制 13:26 10.KEGG富集分析 14:38 11.KEGG圈图绘制 11:19 12.构建蛋白互...
近日,CPTAC团队在Cancer Cell发表了题为“Proteogenomic data and resources for pan-cancer analysis”的文章,对来自10个队列的1000多个肿瘤的基因组、转录组、蛋白质组学和临床数据进行整合分析,并创建了一个强大的共享数据集用于科学分析。该文章概述了CPTAC泛癌研究团队在数据协调、数据传播和帮助生物发现的计算资源...
1.查阅CPTAC官方文献:通过查阅与CPTAC相关的学术论文、专著和官方文件,了解肿瘤蛋白质组学的基本概念、研究方法和应用领域。 2.学习蛋白质组学分析技术:掌握蛋白质组学分析的基本技术,如液相色谱-质谱法(LC-MS)、电喷雾质谱法(ESI-MS)等,这些技术在CPTAC研究中具有重要意义。 3.关注CPTAC的研究项目:关注CPTAC官方...
CPTAC数据库是一个由美国国家癌症研究所资助建立的综合性数据库,主要用于蛋白质组学和基因组学数据的挖掘与生物信息学分析。它包含1300多种不同类型肿瘤病人的WGS、WES和RNA-seq数据,支持通过GDC Data Portal和PDC进行访问。数据库还提供了丰富的生物样品元数据和临床数据,以及一系列数据处理和分析工具,帮助用户进行肿...
CPTAC是由National Cancer Institute在2011年发起的项目，目标是通过大规模蛋白组和基因组分析，系统性地识别由癌症基因组改变和相关生物过程导致的蛋白质，从而加速癌症分子机制的研究，提高诊断、治疗和预防癌症的水平。CPTAC包含基因组和蛋白组数据。基因组数据包含1300+种不同类型的肿瘤病人数据，包括WGS、...
关于数据库的使用方法，首先可以通过网站访问（cptac-data-portal.georgetown.edu...）来获取数据，通过搜索工具输入感兴趣的癌症类型、蛋白质或基因名称，即可得到转录组和蛋白质组数据、元数据和临床数据。以结直肠癌为例，进入后会看到多种筛选类型，右侧分别展示了样本介绍和数据文件描述。数据文件包括...