目前仅有少数的几个功能可以使用OpenMP进行并行,以提升计算效率,这些功能如下: 例如,对于cluster功能来说,仅有pair-wise distance和sieved frame功能可以使用并行进行计算。 另外,'ensemble'轨迹可以使用MPI形式加载处理。‘ensemble’轨迹和功能尝试用在副本交换(REMD)模拟中,与常用的‘trajin
Test_Cluster_Cache Test_Cluster_CoordsAndData Test_Cluster_DBSCAN Test_Cluster_DataSet Test_Cluster_Dpeaks Test_Cluster_Kmeans Test_Cluster_Nreps Test_Cluster_QuatRMSD Test_Cluster_RandomSieve Test_Cluster_ReadInfo Test_Cluster_Sieve Test_Cluster_SymmRMSD Test_Cluster_TrajWrites Test_CmdLine Test_Co...
第一步:载入拓扑与轨迹文件 由于我们在聚类/团簇分析之前需要将两个轨迹组合在一起,因此我们需要知道每个轨迹中分别有多少帧以便使cluster命令明确何处去划分聚类/团簇分析的结果。这可以通过一下命令实现: cpptraj -p rGACC.nowat.parm7 -y rGACC.MREMD1.nowat.nc.40 -tl 这里-p选项载入拓扑文件,-y选项载入...