reference 01_Min.rst: 定义结构01_Min.rst作为参考结构 center: 1-3 mass origin: 将残基1-3的质心置于体系原点 image origin center: 使用分子的质心将原子映像到原点 rms reference mass out 02_03.rms time 2.0 :2: 使用参考结构计算质量加权的RMSD并输出到02_03.rms 运行: cpptraj -p prmtop -i rmsd...
目前仅有少数的几个功能可以使用OpenMP进行并行,以提升计算效率,这些功能如下: 例如,对于cluster功能来说,仅有pair-wise distance和sieved frame功能可以使用并行进行计算。 另外,'ensemble'轨迹可…
cpptraj -p rGACC.nowat.parm7 -y rGACC.MREMD1.nowat.nc.40 -tl 这里-p选项载入拓扑文件,-y选项载入轨迹文件,-tl选项用以输出帧数。此处的输出显示为: Frames: 83843 所以我们应该在组合后轨迹的第83843帧处将其划分开。 在命令行中再次输入cpptraj启动CPPTRAJ。显示交互信息后,按照之前同样的方式载入拓扑...