各位老师好，我计算了4CP在Pd上脱氯过渡态，先CI-NEB跑了一下，然后使用Dimer矫正CI-NEB过度态的结构，结果我跑了差不多四天Dimer后发现最新结构很离谱，不知是哪里的问题。可以把Dimer跑出来每一步的轨迹文件放到VMD里看看，可能是哪一步开始发生键长突变了 dimer运行过程中就要经常查看优化轨迹，跑飞了及时停止
根据sobNEB网站的教程，建立了4CP的Cl在Pd解离的初态和末态中间的5个结构，然后进行CI-NEB的计算，...
CP2K 可以使用NEB或二聚体方法进行分子动力学、元动力学、蒙特卡罗、埃伦费斯特动力学、振动分析、核心能级光谱、能量最小化和过渡态优化的模拟。 一、作业模板 Slurm #!/bin/bash#SBATCH --nodes=2 # 节点数量#SBATCH --ntasks-per-node=56 # 每个节点核心数量#SBATCH --partition=g1_user # 队列分区且必须...
高斯和增强平面波方法 (GAPW) 作为 GPW 方法的扩展允许全电子计算。CP2K 进行分子动力学(MD)、元动力学(Metadynamics)、蒙特卡罗(MC)、埃伦费斯特动力学(Ehrenfest dynamics)、从头算动力学(AIMD)、振动分析、核心能级光谱、能量最小化以及使用NEB或Dimer方法进行过渡态优化的模拟。 CP2K 前段日子发布了最新版的CP2K...
高斯和增强平面波方法 (GAPW) 作为 GPW 方法的扩展允许全电子计算。CP2K 进行分子动力学(MD)、元动力学(Metadynamics)、蒙特卡罗(MC)、埃伦费斯特动力学(Ehrenfest dynamics)、从头算动力学(AIMD)、振动分析、核心能级光谱、能量最小化以及使用NEB或Dimer方法进行过渡态优化的模拟。
之后给出一系列非常详细、具体的MM计算的例子,包括Ar19Kr19团簇的几何优化、CI-NEB方法研究Ar7团簇的构型转换、丙氨酸骨架psi和phi二面角参数的二维势能面扫描和作图(依靠脚本实现)、水中的氨基酸的NVT动力学模拟、基于CHARMM36m和TIP3P做水中1UBQ蛋白质的几何优化(其中利用VMD的AutoPSF界面创建用到的psf拓扑文件以及...
(AM1, PM3, PM6, RM1, MNDO, ...), and classical force fields (AMBER, CHARMM, ...). CP2K can do simulations of molecular dynamics, metadynamics, Monte Carlo, Ehrenfest dynamics, vibrational analysis, core level spectroscopy, energy minimization, and transition state optimization using NEB or...
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支持的理论级别包括DFTB、LDA、GGA、MP2、RPA、半经验方法(AM1、PM3、PM6、RM1、MNDO,…)和经典力场。CP2K 可以使用NEB或二聚体方法进行分子动力学、元动力学、蒙特卡罗、埃伦费斯特动力学、振动分析、核心能级光谱、能量最小化和过渡态优化的模拟。 一、作业模板...
. CP2K can do simulations of molecular dynamics, metadynamics, Monte Carlo, Ehrenfest dynamics, vibrational analysis, core level spectroscopy, energy minimization, and transition state optimization using NEB or dimer method. CP2K is written in Fortran 2008 and can be run efficiently in parallel ...