在本篇推文中,我们将继续以Cu slab表面为例,讲解如何快速产生AIMD模拟的输入文件,并对输出文件进行简单的处理。 使用软件:multiwfn、cp2k、VMD、material studio 首先打开multiwfn软件,载入Cu slab的cif文件。然后分别输入以下命令: cp2k(打开cp2k产生程序) -1(设置任务类型) 6(设置为分子动力学模拟) 3(
1️⃣ AIMD输入文件:了解AIMD输入文件的格式和内容。 2️⃣ 轨迹图的制作:学习如何制作轨迹图。 3️⃣ 结构数据的后处理分析:掌握结构数据的后处理方法。 4️⃣ 径向分布函数RDF案例分析:通过液态水的AIMD模拟,学习RDF的应用。🔍 第三天下午:自由能势能面计算 1️⃣ 自由能势能面基础知识:了解...
最近看到一篇南科大王阳刚老师组在ACS Catalysis发表的文章，使用CP2K做限制性AIMD，然后通过热力学积分方法...
CP2K学习记录：LiF的AIMD模拟总结 模拟目的：通过MD模拟观察LiF中Li原子在结构中的迁移过程。模拟步骤：结构优化：首先对LiF结构进行优化。形成空位：从优化后的结构中移除一个Li原子，形成一个空位。系统扩大：将含有空位的系统进行扩大，准备进行模拟。输入文件设置：将RUN_TYPE调整为MD。选择IOLEVEL为LOW...
请问各位老师，如果想利用CP2K跑AIMD，计算体系功函数随时间的变化，输入文件该如何写？或者真空能级随...
5.1. AIMD输入文件 5.2. 轨迹图的制作 5.3. 结构数据的后处理分析 5.4. 径向分布函数RDF 案例分析:液态水的AIMD模拟 第三天 下午 6.自由能势能面计算 6.1. 自由能势能面基础知识 6.2. Potential of mean force 6.3. Slow-growth 6.4. Metadynamics方法 ...
一、输入文件的设置(完整输入文件见文末) 1.GLOBAL和FORCE_EVAL 首先是GLOBAL部分,首先需要改的是把RUN_TYPE修改为MD: &GLOBAL PROJECT LiF_aimd RUN_TYPE MD IOLEVEL LOW &END GLOBAL 因为AIMD的计算每一步用时较短,我们希望减少输入和输出来减轻服务器的负担,所以设置IOLEVEL LOW[1]。
运行CP2K后，输出的ener文件显示了温度波动情况，初时下降较快，可能需要检查热浴设置。如果温度偏离预期，可尝试调整恒温器参数。pos-1.xyz文件则记录了原子位置变化，通过OVITO可视化，可见Li原子成功迁移到了空位。这个过程展示了LiF在 AIMD模拟中的动态行为，为理解其动力学特性提供了关键数据。总结来说...
CP2K是目前最为强大的AIMD计算程序,可以用于计算极化率。以下是使用CP2K计算极化率的一般步骤: 1. 构建输入文件:输入文件包括计算体系的几何结构、晶胞信息、原子电荷等。 2. 设置计算参数:设置CP2K的计算参数,如赝势、电子基组、交换关联势等。 3. 运行计算:提交输入文件进行计算,CP2K会根据设置的参数进行极化率...
使用Multiwfn非常便利地创建CP2K程序的输入文件 Using Multiwfn to very conveniently create input file of CP2K 文/Sobereva@北京科音 First release: 2021-Feb-22 Last update: 2025-Mar-31 1 前言 CP2K(https://www.cp2k.org)是速度超级快,功能又非常全面的第一性原理程序,受到越来越多的重视,有很多无可...