1. 在跑aimd时在.INP文件中打开OT就不能多核一起跑如140就会自动停止（电脑卡住一会儿，终端也自动...
我想使用CP2K做固-液界面的AIMD模拟，整体思路如下：1.使用MS做晶胞切面，例如（111）面，使用redefine...
AIMD (Ab Initio Molecular Dynamics)是分子动力学模拟的一种类型,它结合了量子力学计算和经典分子动力学方法。经典分子动力学需要为特定的体系定义力场参数,而这些参数可能不适用于所有情况。AIMD 直接通过量子力学计算获取势能面,无需预定义力场,使其具有更广泛的适用性。计算过程中,计算过程中,原子核运动按照经典力学...
AIMD 计算,基本流程,相空间,系综,宏观量的计算,牛顿运动方程,速度形式的 Verlet 算法,AIMD模拟的关键参数,AIMD模拟时间步长的选择,AIMD 模拟参数测试,AIMD 的可重复性问题,Energy drift 问题,周期性边界条件,动能与温度,控温技术与热浴,速度调节法,Anderson 热浴,Nosé–Hoover 热浴,模拟退火, AIMD 的计算参数详解。
第一性原理分子动力学模拟(200多页):第一性原理动力学(FPMD)也称从头算动力学(AIMD),这种模拟是CP2K最大长处之一,速度远远胜于其它程序,而且非常成熟、完善,因此本培训花很大一部分时间对其做深入全面的讲解。本部分包含以下内容 • CP2K中做分子动力学的基础知识:完整讲解控制CP2K中动力学的&MD字段的各种选项...
运行CP2K后，输出的ener文件显示了温度波动情况，初时下降较快，可能需要检查热浴设置。如果温度偏离预期，可尝试调整恒温器参数。pos-1.xyz文件则记录了原子位置变化，通过OVITO可视化，可见Li原子成功迁移到了空位。这个过程展示了LiF在 AIMD模拟中的动态行为，为理解其动力学特性提供了关键数据。总结来说...
1.2 AIMD计算 用CP2K跑几条不同温度下的AIMD轨迹,跑不同温度是为了保证取样的充分性,跑的步数不用太多,毕竟后面还要用DP-GEN进行进一步探索。由于后续在DP-GEN中也会用CP2K进行单点能计算,所以在设置AIMD参数时,二者的计算精度必须要一样,这样初始数据集和后续DP-GEN探索得到的数据集精度才能保持一致。此外,在设...
在得到的spc216_AIMD.inp中,应结合注释根据实际需要做恰当修改,比如控制模拟步数的&MD里的STEPS、控制初始温度和控温温度的TEMPERATURE。诸如此类直接就可以手动很容易地改的参数,在Multiwfn的CP2K输入文件创建界面里一般就没有留出相应的选项了,因为完全没必要。
兰晶岗,本科毕业于华东理工大学,从大三开始在国家千人课题组从事计算化学研究工作;硕士获欧盟Erasmus Mundus项目(欧盟硕士)全额奖学金,在多所学校联合培养,导师分别为西班牙科学院院士、荷兰骑士等计算化学领域知名教授;博士师从从头计算法分子动力学(AIMD)领域最优秀的教授之一,从事CP2K的开发、应用。目前主要研究方向为...
兰晶岗,本科毕业于华东理工大学,从大三开始在国家千人课题组从事计算化学研究工作;硕士获欧盟Erasmus Mundus项目(欧盟硕士)全额奖学金,在多所学校联合培养,导师分别为西班牙科学院院士、荷兰骑士等计算化学领域知名教授;博士师从从头计算法分子动力学(AIMD)领域最优秀的教授之一,从事CP2K的开发、应用。目前主要研究方向为...