在前面的推文中,我们分别介绍了如何使用multiwfn对表面模型进行几何操作、cp2k结构优化输入文件的产生,详见推文【cp2k计算教程】输入文件的产生——以Cu(111)表面结构优化为例(1)、【教程】使用Multiwfn对体系进行序号重排。 在本篇推文中,我们将继续以Cu slab表面为例,讲解如何快速产生AIMD模拟的输入文件,并对输出文...
🔍 第三天上午:从头算分子动力学计算 1️⃣ AIMD输入文件:了解AIMD输入文件的格式和内容。 2️⃣ 轨迹图的制作:学习如何制作轨迹图。 3️⃣ 结构数据的后处理分析:掌握结构数据的后处理方法。 4️⃣ 径向分布函数RDF案例分析:通过液态水的AIMD模拟,学习RDF的应用。🔍 第三天下午:自由能势能面计算...
我想使用CP2K做固-液界面的AIMD模拟，整体思路如下：1.使用MS做晶胞切面，例如（111）面，使用redefine...
CP2K的AIMD输入文件,轨迹图的制作,结构数据的后处理分析,径向分布函数RDF,均方位移MSD,模拟退火,键长键角跟踪,能量与温度涨落。自由能势能面的模拟。 MD结果后处理 将cp2k轨迹转化成gromacs可读格式,用Gromacs分析cp2k和vasp的AIMD计算结果。
主要是因为AIMD能模拟的时间尺度、空间尺度都太小）。建议用增强采样的方法去跑AIMD（如slowgrowth、...
高斯和增强平面波方法 (GAPW) 作为 GPW 方法的扩展允许全电子计算。CP2K 进行分子动力学(MD)、元动力学(Metadynamics)、蒙特卡罗(MC)、埃伦费斯特动力学(Ehrenfest dynamics)、从头算动力学(AIMD)、振动分析、核心能级光谱、能量最小化以及使用NEB或Dimer方法进行过渡态优化的模拟。
高斯和增强平面波方法 (GAPW) 作为 GPW 方法的扩展允许全电子计算。CP2K 进行分子动力学(MD)、元动力学(Metadynamics)、蒙特卡罗(MC)、埃伦费斯特动力学(Ehrenfest dynamics)、从头算动力学(AIMD)、振动分析、核心能级光谱、能量最小化以及使用NEB或Dimer方法进行过渡态优化的模拟。
1.5万 16 13:53 App cp2k.inp输入文件初探【CP2K课程02】 2.5万 80 1:20:32 App 直播-顶刊复刻-CP2K与AIMD计算模拟 4448 -- 4:32 App [CP2K]新手教程Part1-软件简介 免费开源分子模拟软件学习 入门课程 | 华算科技 2.1万 15 40:54 App DeePMD-kit和DP-Gen安装 11.3万 246 49:29 App 超...
第一性原理分子动力学模拟(200多页):第一性原理动力学(FPMD)也称从头算动力学(AIMD),这种模拟是CP2K最大长处之一,速度远远胜于其它程序,而且非常成熟、完善,因此本培训花很大一部分时间对其做深入全面的讲解。本部分包含以下内容 • CP2K中做分子动力学的基础知识:完整讲解控制CP2K中动力学的&MD字段的各种选项...
先前许楠博士已经在本公众号介绍了一系列分子动力学后处理教程,比如:将GROMACS用于CP2K动力学后处理,用强大的GROMACS分析工具分析VASP的动力学结果,第一性原理分子动力学(AIMD)结果分析教程。这些教程推出之后反响极好,因此庚子科技特邀请许楠博士在小鹅通进行一次线上直播(报名费仅10元,对于已经报名CP2k和AIMD课程的同学...