如下，官网说NPT_I适用于各向同性的体系，气体、液体以及非晶物质等各向同性的体系是不是都是用NPT_I...
我用CP2K进行液体的模拟，想先进行NPT的模拟，但是初始盒子大小设置1.2nm,跑一段时间后变成了2.3nm，...
假设对于原子i,未位移时能量为E0,沿x方向位移+Δx后的能量为E1,位移- Δx后的能量为E2。 -根据二阶导数的有限差分近似公式:(f''(x)approxfrac{f(x + h)-2f(x)+f(x - h)}{h^{2}}),在这里,(f)是能量(E),(h=Delta x)。则能量对位移的二阶导数(E_{xx}''=frac{E1 - 2E0+E2}{(...
In the arch file of CP2K: add-D__LIBINTto theDFLAGS. Add-L$(LIBINT_DIR)/lib -lint2 -lstdc++toLIBSand-I$(LIBINT_DIR)/includetoFCFLAGS.lstdc++is needed if you use the GNU C++ compiler. Libint 1 is no longer supported and the previously needed flags-D__LIBINT_MAX_AMand-D__LIBDER...
加速,建议2i和2l,2h和2i二择一,一般2i。 2g. LIBINT (optional, enables methods including HF exchange) 2k. libxc (optional, wider choice of xc functionals) 加功能,建议装上! 2j. CUDA (optional, improved performance on GPU systems)
命令行: /bin/sh ../libtool --quiet --mode=link --tag=CXX /lustre/intel/oneapi/compiler/2022.0.2/linux/bin/intel64/ifort -I../include -I../include/libint2 -D__COMPILING_LIBINT2=1 -L../lib -lint2 -lm -lstdc++ -L/lustre/intel/oneapi/mpi/2021.5.1/libfabric/lib -L/lustre/intel...
docker run -it --rm --shm-size=1g -v $PWD:/mnt -u $(id -u $USER):$(id -g $USER) cp2k/cp2k:2023.2_mpich_generic_psmpmpirun -n 4 -genv OMP_NUM_THREADS=2 cp2k -i H2O-32.inp docker run -it --rm --shm-size=1g -v $PWD:/mnt -u $(id -u $USER):$(id -g $USE...
2.SCF迭代次数与CUTOFF的关联性 3.SMP与MPI并行模式的计算效率 教学反思 通过实时监控top命令,发现部分学员未正确设置OMP_NUM_THREADS,导致节点负载不均衡。后续需增加并行参数调试专项训练,强调exportI_MPI_PIN=1等环境变量设置技巧。对于计算化学基础薄弱者,补充电子密度泛函理论的半经验方法对比讲解。©...
找到对应的log看是哪个文件出错,我遇到的都是某一个Fortran文件的bug,主要是do语句里(1) 定义的整数 i 在子程序 (2) 未被定义,那就在前面的integer部分多加一个参数 i_tmp,然后在do i=0,10 下面加上 i_tmp = i,然后在 子程序 (2) sirius_option_get_name_and_type (...)括号里的 i 换成 i_...
echo '-C set atomic charge type 1:Mulliken, 2:Lowdin, 3:Hirshfeld (default), 4:Hirshfeld-i, 5:voronoi, 6:resp, 7:REPEAT ' exit 1 } # todo list # read keywords from restart file # if [ $# -lt 1 ]; then showhelp ...