《零基础,手把手教你三分钟用Blender制作:新冠病毒COVID-19真实的3D蛋白质结构》 (1)进入“国际蛋白质PDB数据库”网站http://www.rcsb.org,首页就能看到一张很明显的标注有COVID-19的图,点击图片进下一个网页,拉到最下面,有个链接dx.doi.org/10.2210/pdb6lu7/pdb点击它,即可下载保存 6lu7.pdb.gz 文件,...
SARS-CoV-2 RdRp 催化RNA合成的活性位点位于motif A-G 构成的central cavity,结合瑞德昔韦在RNAP 中的结合位置,小子首先定义了小分子配体在RdRp (PDB: 6M71)上的结合位点 (图1)。 图1. 受体蛋白(PDB: 6M71)及配体结合位点(红色球) 目前文献报道的代表性SARS-CoV-2 RdRp抑制剂,如瑞德昔韦、法匹拉韦和加里...
由于多肽的小尺寸，在分子动力学模拟过程中螺旋结构被破坏，其结构转化为环状构象。然后，从MD模拟的最后80 ns中提取每个肽的31个构象，每个肽的构象对接到刺突蛋白RBD结构域的PDB结构上，然后对每个肽的最佳复合物进行另一个50 MD模拟。然后，在MD模拟的最后10 ns期间进行MM/GBSA结合自由能分析。结果表明，meucin-...
2.6分子对接验证 为了进一步探讨清咳平喘颗粒活性成分与COVID-19靶点的结合模式,将“化合物-靶点-通路”网络中degree值排名前5的成分(麻黄碱、苦杏仁苷、甘草酚、酸藤子醌、甘草宁G)与排名前5的共有靶点[TNF(PDB ID:7JRA)、IL6(PDB ID:4CNI)、ALB(PDB ID:1GNI)、AKT1(PDB ID:7NH4)、VEGFA(PDB ID:5...
为了进一步探讨清咳平喘颗粒活性成分与COVID-19靶点的结合模式,将“化合物-靶点-通路”网络中degree值排名前5的成分(麻黄碱、苦杏仁苷、甘草酚、酸藤子醌、甘草宁G)与排名前5的共有靶点[TNF(PDB ID:7JRA)、IL6(PDB ID:4CNI)、ALB(PDB ID:1GNI)、AKT1(PDB ID:7NH4)、VEGFA(PDB ID:5O4E)]进行对接,...
CO-19 PDBCOVID-19Chemical structureDigital imageGenomicThe current coronavirus disease-19 (COVID-19) is caused by severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) is a global outbreak of a disease from a new coronavirus. Several databases have been published on this pandemic, but ...
百里酚与SARS-CoV-2刺突受体结合结构域(PDB ID:2AJF)和SARS-CoV-2刺突胞外域结构(PDB ID:6VYB)结合,阻止病毒与宿主受体ACE2结合。松油烯-4-醇与3CL蛋白酶结合(表3)。姜黄素是一种有效的抗病毒化合物,具有多种抗病毒活性。由于其限速参...
图7. nirmatrelvir 的腈基与SARS-CoV-2病毒主要蛋白酶(浅蓝色)的 Cys145(黄色部分为其巯基所产生的硫代亚胺酸脂中的硫原子) 反应形成共价硫代亚胺酸酯加合物。氢键相互作用(黄色虚线)发生在整个配体与受体结合的口袋中(PDB ID:7RFW)[9](图片来源:Science) ...
我们根据 2019-nCoV 新冠病毒 3CL 水解酶结构 (PDB ID: 6LU7) 对公司已有的老药新用化合物库(包含上市药物及临床2 期及以后药物)进行虚拟筛选,并结合已报道的科研团队筛选的结果汇总整理得到 500 多个可能具有抗 2019-nCoV 活性的化合物 (该数据仅代表计算机模拟、计算的结果,未经生物实验验证),建立了抗 CO...
We applied a structural bioinformatics approach to analyse the impact of missense variants from human and viral proteins, using 19 SARS-CoV-2: human protein structural complexes (obtained from PDB or built using AlphaFold2-multimer/ptm). We analysed 468 coding variants in human proteins occurring ...