RPKM/FPKM与RPM的区别:考虑了基因长度对read读数的影响。 RPKM与FPKM的区别:RPKM值适用于单末端RNA-seq实验数据,FPKM适用于双末端RNA-seq测序数据。 RPKM/FPKM适用于基因长度波动较大的测序方法,如lncRNA-seq测序,lncRNA的长度在200-100000碱基不等。 TPM (Transcript per million) TPM的计算方法也同RPKM/FPKM类似...
参考资料:RPKM, FPKM and TPM, clearly explained - StatQuest!!!What the FPKM? A review of RNA-Seq expression units | The farrago (wordpress.com)RPKM、FPKM、TPM详解RNA-seq的counts值,RPM, RPKM, FPKM, TPM 的异同 - 云+社区 - 腾讯云 (tencent.com)...
RNA-seq的counts值,RPM, RPKM, FPKM, TPM 的异同 https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzAxMDkxODM1Ng==&mid=2247490699&idx=2&sn=6d7e0d96779d4885f3c36089cdd31516&chksm=9b485c30ac3fd5265cdbd12725baf54842498357b22b2de61679987898e988479c453372d1cb&scene=7#rd ...
1、学术界已经不再推荐RPKM、FPKM; 2、比较基因的表达丰度,例如哪个基因在哪个组织里高表达,用TPM做均一化处理; 3、不同组间比较,找差异基因,先得到read counts,然后用DESeq2或edgeR,做均一化和差异基因筛选;如果对比某个基因的KO组和对照,推荐DESeq2。 如果找公司做RNA-seq数据处理,计算表达量时,记得要read...
他人总结:CPM只考虑了测序深度,RPM只考虑了基因长度,RPKM和FPKM同时考虑了基因长度和深度,TPM不仅考虑了基因长度和深度,还考虑了基因表达量总和一致,其中CPM和TPM由于总表达量相等,可以用来做差异分析。 相关R代码 https://www.cxyzjd.com/article/weixin_29014237/113052831...
RNA-seq的counts值,RPKM, FPKM, TPM 的异同 现在常用的基因定量方法包括:RPKM, FPKM, TPM。这些表达量的主要区别是:通过不同的标准化方法为转录本丰度提供一个数值表示,以便于后续差异分析。 标准化的主要目的是去除测序数据的技术偏差:测序深度和基因长度。
TPM与RPKM/FPKM的区别:从计算公式来说,唯一的不同是计算操作的顺序,TPM是先去除了基因长度的影响,而RPKM/FPKM是先去除测序深度的影响,具体可看这篇博文,有计算步骤的详细说明;TPM实际上改进了RPKM/FPKM方法在跨样品间定量的不准确性。 TPM的使用范围与RPKM/FPKM相同。 总结 raw count作为原始的read计数矩阵是一个...
因此在计算TPM时,与RPKM、 FPKM相比,唯一的区别是TPM先对基因长度进行标准化,然后对测序深度进行标准化。但是,这种差异的影响非常深远。因为使用TPM时,每个样本中所有TPM的总和是相同的,这样可以更轻松地比较每个样本中映射到基因的读数的比例。相反,使用RPKM和FPKM,每个样本中的标准化读数之和可能会有所不同,这使得...
因此在计算TPM时,与RPKM、 FPKM相比,唯一的区别是TPM先对基因长度进行标准化,然后对测序深度进行标准化。但是,这种差异的影响非常深远。因为使用TPM时,每个样本中所有TPM的总和是相同的,这样可以更轻松地比较每个样本中映射到基因的读数的比例。相反,使用RPKM和FPKM,每个样本中的标准化读数之和可能会有所不同,这使得...
Counts RPK RPKM/FPKM TPM CPM数据转换原理 他人总结:CPM只考虑了测序深度,RPM只考虑了基因长度,RPKM和FPKM同时考虑了基因长度和深度,TPM不仅考虑了基因长度和深度,还考虑了基因表达量总和一致,其中CPM和TPM由于总表达量相等,可以用来做差异分析。 相关R代码 ...