(1)count转FPKM 这里需要根据FPKM的公式定义一个函数: 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 # effLen基因长度,counts是基因的count数 Counts2FPKM<-function(counts,effLen){N<-sum(counts)exp(log(counts)+log(1e9)-log(effLen)-log(N))}
FPKM2TPM<-function(fpkm){exp(log(fpkm)-log(sum(fpkm))+log(1e6))} 然后我们利用apply函数进行遍历,就可以转换啦。 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 TPMs<-apply(exp,2,FPKM2TPM) 除了FPKM转换成TPM外,其他的数据也可以进行转换。 Counts转TPM 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运...