CopyKAT(肿瘤拷贝数核型分析)是一种使用综合贝叶斯方法的计算工具,能够在单细胞中以5MB分辨率检测全基因组非整倍体,以便从高通量单细胞RNA测序数据中区分肿瘤细胞与正常细胞,并识别肿瘤亚克隆。 (这里提一下,“5MB”是指 5兆碱基对(5 megabase pairs, 5 Mb),表示基因组上5百万个碱基对的区域。这个分辨率意味着Co...
Join millions of users creating laugh-out-loud content. Download CopyKat now and start bringing your images to life! App Privacy The developer,Suman Sigdel, indicated that the app’s privacy practices may include handling of data as described below. For more information, see thedeveloper’s priva...
CopyKAT分析 非整倍体肿瘤拷贝数核型分析(CopyKAT)用于估算高通量scRNA-seq基因组拷贝数谱,以区分肿瘤微环境中的正常细胞与恶性肿瘤细胞,识别主要的克隆亚群。 分析流程 在对获取的表达数据处理后,过滤掉低质量的细胞和基因,然后对基因进行注释,根据它们的基因位点进行排序。 使用Freeman-Tukey变换稳定方差,使用多项式动态...
最后把CNV的结果投射到单细胞聚类结果上看一看是否合理,Seurat标准流程走一遍,聚类结果和copyKAT分群结果投射到TSNE上。 standard10X = function(dat,nPCs=50,res=1.0,verbose=FALSE){ srat = CreateSeuratObject(dat) srat = NormalizeData(srat,verbose=verbose) srat = ScaleData(srat,verbose=verbose) srat = Fi...
① copykat_prediction.xls表示copykat 预测分析结果,正常细胞(diploid),肿瘤细胞(aneuploid)。 ② copykat_CNA_results.xls表示每个CNV segment在每个细胞的表达量。 ③ copykat_heatmap.jpeg表示CNV热图。 1.6结果说明 ① CNV热图(infercnv.png/pdf)。 图2 CNV热图 ...
将CopyKAT 应用于三组之前发表的 5 例胰腺癌患者、5 例三阴性乳腺癌患者和 5 例间变性甲状腺癌患者的 3’单细胞转录组数据,并把 CopyKAT 鉴定到的肿瘤细胞与利用肿瘤上皮标志物打分的注释结果进行对比,结果表明,CopyKAT 可以准确 (98%±3% s.d.) 区分多种实体肿瘤中的肿瘤细胞和正常细胞,而不需要特定的基因表...
CopyKAT结果可视化:正常细胞(diploid,蓝色)还是肿瘤细胞(aneuploid,红色) p1 <- DimPlot(scRNA, group.by ="celltype", label = T,reduction ='tsne') p2 <- DimPlot(scRNA, group.by ="CopyKAT",reduction ='tsne') + scale_color_manual(values = c("#F8766D",'#02BFC4',"gray")) ...
hi,各位,2021年1月份发表了一篇文献Delineating copy number and clonal substructure in human tumors from single-cell transcriptomes,2021年1月发表于nature biotechnology,影响因子36分多,非常高,前几位的作者都是中国人,非常值得一看,文章中推出新的推断肿瘤细胞CNV的方法:copyKAT,也是通过单细胞转录组数据来推断细胞...
简介:服务器丨Linux安装测试单细胞分析软件copykat,遇到的常见报错与解决思路与方法 今天分享的内容是copykat在云服务器Linux端的部署的方法,主要包括安装和测试两大部分,最终的效果是调用服务器进行计算。 测试环境 Linux centos 7 R 4.2.3 minconda3 天意云 24C 192GB ...
在计算机编程中,Copykat参数是指在一个程序或系统中复制和粘贴代码的现象。这种行为通常是由于开发人员懒惰或缺乏理解而导致的。本文将探讨Copykat参数的含义、原因以及可能的解决方法。 Copykat参数是指在编程过程中频繁出现的复制和粘贴代码的现象。这种行为可能会导致代码的冗余和可维护性的下降。当一个程序中出现多个...