Anaconda是一个包含常用科学计算工具的Python发行版,其中包括Conda。您可以从Anaconda官网下载并安装适合您操作系统的版本。使用Conda安装R包一旦安装了Anaconda或Miniconda,您就可以使用Conda来安装R包了。打开终端或命令提示符,并执行以下命令: conda install -c bioconda bioconductor-package-name 将bioconductor-package-na...
conda install -c bioconda bioconductor-deseq2 如果想要安装Github上的R包,需要自己手动在conda创建这个安装包 (要有一个conda的账号) conda skeleton cran <github_url> conda build --R=<my_r_version> r-<lower-case-package-name> conda install -c <my_user_name> <my_package> https://stackoverflo...
2、R的名字为r-base 3、R包的名字在bioconda中以r-为前缀 4、一些Bioconductor包的名字为bioconductor-前缀 5、如果bioconda安装终端了,再多试几次
conda install bioconductor-hdf5array=1.14.0#因为我事先搜索了,知道对应我的R版本(3.6)的hdf5array最高版本是1.14.0安装位置在~/miniconda3/pkgs:bioconductor-biocgenerics-0.32.0-r36_0 bioconductor-biocparallel-1.20.0-r36he1b5a44_0 bioconductor-delayedarray-0.12.0-r36h516909a_0 bioconductor-hdf5array-1....
我们在这个环境里面安装了 bioconductor的 singlecelltk和singlecellsignalr,因为它们本身就会依赖大量的其它R语言包,所以理论上这个时候你的这个 conda activate r 小环境,已经是比较好的可以用来做单细胞转录组数据分析的啦! 两个工具的主页分别是: https://bioconductor.org/packages/3.14/bioc/vignettes/SingleCell...
主要介绍了如何使用conda来安装R包和linux下启动R语言的小工具radian conda 安装普通R包 conda install r-ggplot2 conda 安装biocmanagerR包 conda install bioconductor-ballgow 展开更多2021一起学习 知识 校园学习 小明的数据分析笔记本 发消息 森林培育博士研究生,不定期分享一些R语言或者python做数据处理和数据...
可以理解为R包的官网,凡是需要通过CRAN下载的R包,都可以通过install.packages("pkg_name")来安装。 2). Bioconductor 里面多是跟生信相关的R包,通过BiocManager::install("pkg_name")来安装。 Github 部分作者在写好R包以后还没来得及上传到CRAN上,便可通过其Github进行安装,通过devtools::install_github("用户名...
打开R即可使用该 Bioconductor 镜像源安装 Bioconductor 软件包。 1.4 添加python的pip阿里云镜像 1.4.1 简介 PyPI (Python Package Index) 是 Python 编程语言的软件存储库。开发者可以通过 PyPI 查找和安装由 Python 社区开发和共享的软件,也可以将自己开发的库上传至 PyPI 。
正常情况下,我们的R包都是依附于R语言环境,常见的情况是在个人电脑的Rstudio这样的界面软件安装的。但是单细胞数据处理相关R包有一点点特殊, 它首先依赖的包特别多,其次很有可能是并不会在个人电脑里面安装,也就是说不一定有Rstudio这样的界面软件给你。
比如直接搜到了这个R 包的conda 安装方法:Bioconductor Rhdf5 :: Anaconda.org[3] 代码语言:javascript 复制 conda create-nR4.1.2-y r-base # 安装R环境 conda activateR4.1.2# 在激活的环境下安装 conda install-c bioconda bioconductor-rhdf5