star-fusion流程需要调用star这个非常出名的转录组比对工具,然后是star-fusion流程内部的一个perl脚本去解析star比对过程中输出的Chimeric.out.junction文件。 其中star比对过程已经是超级简单了,但是perl脚本就比较麻烦,因为perl本身是上古语言,STAR-Fusion 这个perl脚本依赖的环境会难倒很多人,如下所示的代码架构: $ head...
conda create-n starFusion conda activate starFusion conda install-c bioconda trim-galore conda install-c bioconda star-fusion 可以看到目前两个软件版本是: 代码语言:javascript 代码运行次数:0 复制 Cloud Studio代码运行 STAR--version2.7.10aSTAR-Fusion--versionSTAR-Fusion version:1.6.0perl--version This...
fastqc -t 10 -o /PARA/pp547/BIGDATA-2/HYC/tmp/Raw_QC G1_T101_1.fastq.gz 4.3.5.离线安装star(不需要安装,已经存在) source activate rnaseq which STAR #~/.conda/envs/rnaseq/bin/STAR #conda install --use-local star-2.7.1a-0.tar.bz2 链接:https://www.jianshu.com/p/56943e315f16...
在免费实例环境中使用 conda 建立的虚拟环境是存储在本地的，而且免费实例环境的存储空间是有限的。因此...
它的作用是拦截你对python工具链的调用,为你选择正确的python版本。此外,你也可以使用它来安装多个版本的python。它的功能完全可以诸如annaconda之类的工具替代。但如果你使用virtualenv的话,那么很有可能你仍然需要使用pyenv来安装和选择python版本。它目前在github上有超过28k的star。
Fork1.8k Star6.8k main 49Branches309Tags Code Folders and files Name Last commit message Last commit date Latest commit pre-commit-ci[bot] [pre-commit.ci] pre-commit autoupdate (#14695) Mar 25, 2025 89965c0·Mar 25, 2025 History
海_纳百川 粉丝- 33 关注- 1 +加关注 0 0 « 上一篇: github的repository和star的区别 » 下一篇: git报错error: RPC 失败。curl 16 Error in the HTTP2 framing layer fatal: 在引用列表之后应该有一个 flush 包 posted @ 2023-04-23 22:06 海_纳百川 阅读(434) 评论(0) 编辑 收藏 举报 ...
conda install -n transcriptome fastqc salmon star stringtie sra-tools trimmomatic rmats rmats2sashimiplot # 启动新环境 source activate transcriptome salmon -h # 默认安装到了anaconda_path下面的envs/transcriptome目录下(在屏幕输出也会有显示) # 这个目录下存在bin文件夹,一般使用全路径就可以调用,如下 ...
后来忽然想到,conda 是一个天然会帮助我们解决依赖的工具。 通过conda安装 我创建一个conda 环境,用这个环境来安装R 和我需要的R 包不就好了吗? 比如直接搜到了这个R 包的conda 安装方法:Bioconductor Rhdf5 :: Anaconda.org[3] 代码语言:javascript
Star185 main 3Branches13Tags Code Folders and files Name Last commit message Last commit date Latest commit conda-bot 🤖 updated file(s) (#105) Mar 24, 2025 eb4e226·Mar 24, 2025 History 254 Commits .github 🤖 updated file(s) (#105) ...