chown softwares:softwares /opt/local/cluster-utils/conda/envs/singularity371 #在集群中,使用root权限安装完虚拟环境之后,将属主,属组授权给softwares 配置module module avail cd /opt/local/share/modulefiles --- # 进入此目录 cp R-4.0.3 singularity371 # 复制一份现有配置文件进行修改 1 #%Module...
第三方安装管理软件,如conda、Bioconductord等包管理软件和docker、singularity等镜像管理软件。 但是三种方式各有长处: 预编译版本最简单,但许多包并不提供这种版本。 绝大多数包都提供源码,但源码的依赖环境对于小白太过不友好(初期少不了砸键盘)。 第三方管理包帮你解决了环境依赖, ● 一些简单的了解和操作即可上手...
8.2 在 Singularity 容器中配置 conda实例1:构建 qiime1 容器首先在容器中安装 minicondawget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.shchmod u+x Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh./Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh -b -p /opt/miniconda3chmod --recursive a+rw /opt/...
例如,要创建一个名为myenv的环境,并安装一些生物信息学软件包,可以运行以下命令:```bashconda create -n myenv bioconductor=3.10.1 r=3.6.1 bedtools=2.28.0 bcftools=1.14.0 samtools=1.14.2 gffread=0.11.1 gatk=4.2.4 picard=2.18.10 gatk-tools=4.2.4 ipython-notebook=6.4.0 jupyter-lab=3.0.8 ...
PyTorch的安装与使用 pytorchanaconda函数框架linux PyTorch是一个非常常用的AI框架,主要归功于其简单易用的特点,深受广大科研人员的喜爱。在前面的一篇文章中我们介绍过制作PyTorch的Singularity镜像的方法,这里我们单独抽出PyTorch的安装和使用,再简单的聊一聊。 DechinPhy 2024/05/09 3930 RNA-seq(1) :用conda安装RN...
如何在Anaconda下安装pytorch(conda安装和pip安装) 文字说明 本文中标红的,代表的是我认为比较重要的。 版本说明 python环境配置:jupyter的base环境下的python是3.10版本。 CUDA配置是:CUDA11.6。 目前pytorch官网提示支持的版本是3.7-3.9 本文主要用来记录自己在安装pytorch中出现的问题,同时希望我也能够帮助大家解决一些...
搜个教程一步步安装即可. 2. 配置文件 显然,我们需要配置下载源,不然下半天都下不了一个包.我们需要vim一个.condarc的文件,然后加入以下内容,也就是优先以下面4个渠道下载包: channels: - bioconda - conda-forge - r - defaults
目前来看，编译CP2K最为普适的方法是docker-singularity法，这种容器的思路对编译其他软件都很有作用，...
Conda和容器技术(如Docker)都是现代软件开发和数据科学中常用的工具,用于解决环境依赖和应用部署的问题。尽管它们有着相似的目标,即确保应用可以在不同的...
常见的容器类型包括Docker和Singularity等。在深度学习领域,容器技术可以帮助我们快速部署PyTorch及其他相关库,并确保跨平台的一致性。当谈到conda配置PyTorch时,我们需要了解以下关键步骤: 安装Anaconda或Miniconda,这些工具能帮助我们管理Python环境和包依赖关系。 创建新的conda环境,以便于隔离不同项目的依赖关系,避免冲突。