可以使用Conda安装clusterProfiler,但需要注意clusterProfiler是一个R包,通常通过Bioconductor安装。 Conda本身主要用于管理Python包及其依赖关系,但它也支持安装其他语言的包,包括R包。然而,对于像clusterProfiler这样的特定于R的生物信息学包,通常建议通过Bioconductor进行安装,因为Bioconductor是专门为生物信息学软件设计的R包仓库...
其实,在R终端下,载入上面的软件包没问题,但是在Rstudio中载入就出错: > library(clusterProfiler) 错误: package or namespace load failed for ‘clusterProfiler’ in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...): 无法载入共享目标对象‘/mnt/data/R4.1_and_Rstudio/lib/R/library/png/libs/png.so’:: /...
conda install r-seuratbioconductor-glmgampoi presto rschauner::r-bpcells r-clustree r-harmony # 单细胞组学seurat相关包 conda install bioconductor-singler r-monocle3 r-garnett # 单细胞自动注释软件 conda install bioconductor-clusterprofiler # 富集分析 conda install r-qs2 # 高效读写数据 conda instal...
其实,在R终端下,载入上面的软件包没问题,但是在Rstudio中载入就出错: > library(clusterProfiler) 错误: package or namespace load failedfor‘clusterProfiler’indyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...): 无法载入共享目标对象‘/mnt/data/R4.1_and_Rstudio/lib/R/library/png/libs/png.so’:: /lib64/...
重启之后,打开Rstudio-server,发现R版本已经变为R4.1.0了,搞定! 7. 在conda环境中安装R包 「R4.1.0」 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("clusterProfiler") 代码语言:javascript...
install.packages("BiocManager")BiocManager::install("DESeq2")BiocManager::install("limma")BiocManager::install("edgeR")BiocManager::install("tximport")BiocManager::install("clusterProfiler")BiocManager::install("org.Hs.eg.db")BiocManager::install("org.Mm.eg.db")BiocManager::install("org.Rn.eg.db...
## 或者使用mamba安装:mamba install -y r-base=4.1.2 # 安装R语言软件包(安装命令可从Linux软件安装.md文件中查找)安装时间较久 conda install -y r-getopt r-tidyverse r-ggplot2=3.3.5 bioconductor-limma bioconductor-edger bioconductor-deseq2 bioconductor-clusterprofiler bioconductor-org.hs.eg.db=3.13...
需要安装clusterProfiler和enrichplot包 2. 头脑风暴 我有一个设想: 用root权限,新建一个环境R4.1,然后在里面安装R4.1 在R4.1中安装那几个包 将Rstudio的R版本设置为新建环境的R4.1 我的顾虑: 不确定我用root新建的环境,能不能让大家使用 不确定Rstudio-server能不能指定新建环境中的R4.1版本 ...
如果要用conda安装某个R包,但是不知道这个R包用哪个channel,可以在anacoanda这个网址https://anaconda.org/bioconda/的搜索框搜索R包的名字,就会出现对应的完整conda安装命令行。 下面以clusterProfiler为例做展示: image.png python包安装指定源 可以通过pip的-i参数指定源 ...
bioconductor-clusterprofiler - bioconductor-go.db - bioconductor-limma - bioconductor-rsamtools - bioconductor-rsubread - bioconductor-rtracklayer - r-blob - r-cairo - r-cowplot - r-crayon - r-devtools - r-ggplot2 - r-ggrepel - r-ggplotify - r-readr - r-readxl - r-writexl - r-roxy...