conda install -c bioconda perl-bioperl 这个命令会从bioconda这个conda频道安装perl-bioperl包。 执行命令并等待安装完成: 执行上述命令后,conda会自动解析依赖并开始下载和安装bioperl及其依赖项。 安装过程可能需要一些时间,具体取决于你的网络连接速度和conda服务器上的负载情况。 验证安装成功: 安装完成后,你...
查看conda安装bioperl后的存储的位置 conda list 查看miniconda3目录下,可以看到实际上我们已经安装上了Bio::Seq模块 bioperl模块的位置,不在 perl 的@INC里 把我们查到的模块路径选择一个安装到perl环境变量里面 export PERL5LIB=/home/data/t0202008/miniconda3/pkgs/perl-bioperl-1.6.924-4/lib/perl5/site...
首要步骤是检查conda安装bioperl后的实际存储位置。在miniconda3目录下，我发现Bio::Seq模块确实已经成功安装。然而，问题出在bioperl模块并未被正确地添加到perl的@INC路径中。@INC是Perl查找模块的默认搜索路径，如果没有将新安装的模块添加到这里，即使模块存在，也无法被Perl系统找到。解决这个问题的关键...
bioperl模块的位置,不在 perl 的@INC里 把我们查到的模块路径选择一个安装到perl环境变量里面 exportPERL5LIB=/home/data/t0202008/miniconda3/pkgs/perl-bioperl-1.6.924-4/lib/perl5/site_perl/5.22.0/:$PERL5LIB 问题就解决啦
conda install certifi conda update conda 建议 (1)搜索包 conda search bioperl https://anaconda.org/搜索 包的名称 (2)单独环境安装 R,perl 环境最好单独建立一个,有时候是环境冲突;安装一些软件可能会导致另外软件的依赖之间冲突 conda activate Perl_env ...
(3)更新环境变量 source ~/.bashrc (4)conda help conda --help (5)创建环境 conda create --name biosoft (6)进入环境 conda activate biosoft (7)安装perl-bioperl conda install -c bioconda perl-bioperl (8)检查安装是否成功 perldoc -m Bio::SeqIO...
linux新手建议学习课程，里面有linux操作基础软件安装等等：
... setup_conda.sh: line 370: conda:q command not found which: no perl-bioperl in setup_conda.sh: line 370: conda: command not found which: no perl-bioperl-core in... ... 检查setup_conda.sh文件 ~/HaMStR/h1s/setup/setup_conda.sh which conda /usr/bin/which: no conda in ... ...
而为此conda的软件源有多种,其中专门收录了生物信息学软件的软件源,亦即bioconda。所以bioconda仅仅是conda的软件源之一,与bioconductor之于CRAN,bioperl之于CPAN是类似的。所以掌握bioconda,事实上也就是掌握conda,反之亦然。 安装 conda 可以安装Anaconda,也可以安装miniconda,具体如果没有root权限,建议安装后者,安装过程...
conda install -c bioconda perl-bioperl https://anaconda.org/bioconda/perl-bioperl DharitriSaikia reacted with thumbs up emoji 👍 Sorry, something went wrong. Copy link Author c-lebercommentedSep 3, 2020 Hi@nigyta, Thanks for the response. ...