conda install -y sra-tools ##可以指定安装版本 ##conda install -y sra-tools=2.10.7 ##安装完成返回3个done,如果有一个文件比较大,终止了,可以重新运行安装命令 # aspera conda install -y aspera-cli -c hcc ascp --help # 可以一次安装多个软件 conda install -y trim-galore hisat2 subread multiqc...
conda install -y aspera-cli -c hcc ##-c hcc,-c是指定它在hcc频道,就是指定安装的频道 ##调用帮助文档,不是软件的名字,如下 ascp --help #有时候一个软件是一个工具集,它下面有很多工具,每个工具都有不同的名字,就调某个具体工具的名字,而不是调用软件的名字。 #samtools,fastqc刚好有一个软件名...
# 下载安装软件之前先搜索是否存在http://bioconda.github.io/conda-recipe_index.html 网页搜索:conda ascp 安装 关于conda 的安装相关选项可可以参考:https://docs.conda.io/projects/conda/en/latest/commands/install.html 代码语言:javascript 复制 # 安装 fastqc 软件 conda install fastqc # 调出帮助文档 fastq...
Asprea是一款非常神奇的工具，它可以极大的提高数据传输的效率。.aspera/connect/bin/ascp -i .aspera/c...
#ascp的aspera高速下载 conda install -c hcc aspera-cli #prefech下载sra文件 conda install -c bioconda sra-tools # 基因组下载商店 # conda install refgenie # QC质控 conda install -c bioconda trim-galore conda install -c bioconda multiqc
conda install -y aspera-cli -c hcc ascp --help # 可以一次安装多个软件 conda install -y trim-galore hisat2 subread multiqc samtools salmon fastp ##作为新手,建议一个个软件安装,有时候软件之间会出现冲突,conda不能解决软件之间的冲突问题。
ascp --help # 可以一次安装多个软件 conda install -y python=3.7 libstdcxx-ng=9.1.0 trim-galore cutadapt=4 hisat2 subread multiqc samtools=1.16.1 salmon=1.4.0 fastp fastqc # mamba install -y python=3.7 libstdcxx-ng=9.1.0 trim-galore hisat2 subread multiqc samtools=1.14 salmon=1.4.0 fast...
.aspera/connect/bin/ascp -i .aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh --overwrite=diff -QTr...
conda install -y -c hcc aspera-cli which ascp ## 一定要搞清楚你的软件被conda安装在哪 ls -lh ~/miniconda3/envs/download/etc/asperaweb_id_dsa.openssh 但是在Windows操作系统使用conda,大家安装了Anaconda这个exe格式的界面软件,根本就找不到它,而且也没办法进入可以交互输入命令的终端界面。
conda install -y -c hcc aspera-cli whichascp ## 一定要搞清楚你的软件被conda安装在哪 ls -lh ~/miniconda3/envs/download/etc/asperaweb_id_dsa.openssh 但是在Windows操作系统使用conda,大家安装了Anaconda这个exe格式的界面软件,根本就找不到它,而且也没办法进入可以交互输入命令的终端界面。