condasearchfastqc#搜索fastqccondainstallfastqc#安装命令 下载之后不需要配置环境,直接就可以使用,如果是自己下载的文件还需要设置可执行权限和配置环境变量: chmod u+x ./fastqc #设置可执行权限 R语言的安装package指令 来自CRAN:BiocManager,devtools,tidyverse,gridExtra,pheatmap,ggpubr,ggplot2,ggsci options(repos="...
9. 其它人用Rstudio-server安装R包 因为现在Rstudio-server用的是conda环境中的R4.1,它会在conda环境中有一个library,普通用户没有写入的权限,安装R包时会在自己的路径下自动新建一个library。如果安装包出错,就进入conda的环境,安装即可,绝对可以成功。 特别好使! 10. 总结 1,conda新建环境安装R4.1.0,因为是全...
自从上一次服务器重装系统之后,总感觉缺少了一些东西,安装R包很多依赖库报错,也可以解决,但总是存在,烦。 一天,一个同事问我说ggpubr包安装不成功,我就自己试了一下,真的是……安装不成功。 当你到了我这个年纪(破罐子破摔),你就会知道,「如果有包安装不上,那就不安装了」。所以我就用资深数据分析师那意...
conda activate r_env conda install r-base=4.4.2 r-essentials r-ggpubr #安装R和常用的数据分析R包,目前 R 最新是4.4.3,推荐安装4.3～4.4.2 conda install r-biocmanager r-devtools r-remotes r-pak # 常用的用于下载R包的包 conda install r-irkernel jupyter #使用 jupyter 必须 # 上面的基本是必...
自从上一次服务器重装系统之后,总感觉缺少了一些东西,安装R包很多依赖库报错,也可以解决,但总是存在,烦。 一天,一个同事问我说ggpubr包安装不成功,我就自己试了一下,真的是……安装不成功。 当你到了我这个年纪(破罐子破摔),你就会知道,「如果有包安装不上,那就不安装了」。所以我就用资深数据分析师那意...
install.packages("ggpubr") install.packages("officer") install.packages("rvg") install.packages("leaflet") install.packages("leaflet.extras") install.packages("zip") install.packages("biomformat") install.packages("venn") install.packages("ape") ...
安装ggpubr的时候才体会到用conda有多香,这个包需要的依赖包贼多,安装过程挺长,我们集群如果在本地长时间运行任务会掉线,因此安装过程中断开了好多次,之后又把它提交到节点进行安装 #!/usr/bin/bash source /usrdata/users/hwwang/miniconda3/bin/activate /usrdata/users/hwwang/miniconda3/envs/r3.6/ ...
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Centos系统下Rstudio-server调用conda安装的R4.1流程总结 自从上一次服务器重装系统之后,总感觉缺少了一些东西,安装R包很多依赖库报错,也可以解决,但总是存在,烦。 一天,一个同事问我说ggpubr包安装不成功,我就自己试了一下,真的是……安装不成功。 当你到了我这个年纪(破罐子破摔),你就会知道,如果有包安装...
自从上一次服务器重装系统之后,总感觉缺少了一些东西,安装R包很多依赖库报错,也可以解决,但总是存在,烦。 一天,一个同事问我说ggpubr包安装不成功,我就自己试了一下,真的是……安装不成功。 当你到了我这个年纪(破罐子破摔),你就会知道,「如果有包安装不上,那就不安装了」。所以我就用资深数据分析师那意...