那就先卸载当前bcftools,创建一个环境再安装指定版本的bcftools conda uninstall bcftools conda create-n bcftools_software conda activate bcftools_software conda install-c bioconda bcftools=1.9 安装成功啦! (bcftools_software)$ bcftools Program:bcftools(Toolsforvariant callingandmanipulating VCFsandBCFs)Version:1....
conda install -y samtools conda install -y bcftools conda install -y vcftools snpEff conda install -y multiqc qualimap featureCounts 每装一个软件都可以使用--help来查看它是否安装成功,如果弹出帮助信息说明安装成功。
同时可以对环境进行保存，加载和切换操作 conda包和环境管理器包含在所有版本的Anaconda和Miniconda中 ...
步骤1:安装Miniconda从Anaconda官方网站下载Miniconda安装包。在终端中使用以下命令下载适用于Linux的Miniconda3安装包(以版本号3.10.2为例):wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-py310_23.1.0-1-Linux-x86_64.sh步骤2:安装Miniconda在终端中运行以下命令来安装Miniconda:bash Miniconda3-py310_23.1....
使用conda安装生物信息软件bcftools 在没有conda之前,我们需要 通过一系列的操作,才能完成安装: 相比之下,使用Bioconda的管道进行安装就容易得多了: ### 使用Bioconda的管道进行安装 conda install -c bioconda bcftools ###下载测试文件 cd /tmp wget https://github.com/davetang/learning_vcf_file/raw/master/al...
bashAnaconda3-5.3.1-Linux-x86_64.sh#安装下载的sh文件 5. 配置仓库镜像 以下三种配置方式,选取一个来源的频道配置即可,重复配置频道会造成冗余,降低软件安装速度。 ## (2). 配置仓库镜像 #一:官方频道 conda config --add channels bioconda conda config --add channels conda-forge ...
bash Anaconda3-5.3.1-Linux-x86_64.sh #安装下载的sh文件 1. 2. 3. 5. 配置仓库镜像 以下三种配置方式,选取一个来源的频道配置即可,重复配置频道会造成冗余,降低软件安装速度。 ## (2). 配置仓库镜像 #一:官方频道 conda config --add channels bioconda ...
samtools sambamba bamtools bedtools vcftools bcftools deeptools subread \ samclip parallel-fastq-dump \ pandas numpy scipy biopython pysam matplotlib pandarallel \ snakemake weblogo hicexplorer # 按需求安装gatk4,本地没必要安装 mamba install gatk4 ...
现在,你已经成功地搭建了自己的conda环境。接下来,你可以使用conda命令来创建、管理和激活不同的环境。例如,要创建一个名为myenv的环境,并安装一些生物信息学软件包,可以运行以下命令:```bashconda create -n myenv bioconductor=3.10.1 r=3.6.1 bedtools=2.28.0 bcftools=1.14.0 samtools=1.14.2 gffread=0.11...
"bcftools call -mv - > {output}" 10 调用自己写的脚本 当然,有时候在某个步骤想实现的功能并不能用简单的几句命令来实现,而且你自己也已经有了一个现成的脚本了,那么你就可以直接调用该脚本实现相应功能: rule stats: input: "calling/all.vcf" ...