prefetch -t ascp -a "/home/usr/anaconda3/envs/sradownload/bin/ascp|/home/usr/anaconda3/envs/sradownload/etc/asperaweb_id_dsa.openssh" SRR11111111 5. 完成!其实看别人的教程也有人直接用ascp就能下载的,不用搭配prefetch,我也试了一下NCBI官方文档(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK242625...
接下来 使用conda安装aspera, 可以高速下载 不同 数据集的fastq文件 ,代码如下: conda create -n download conda activate download conda install -y -c hcc aspera-cli which ascp ## 一定要搞清楚你的软件被conda安装在哪 ls -lh ~/miniconda3/envs/download/etc/asperaweb_id_dsa.openssh 但是在Windows操...
source~/.bashrc 接下来 使用conda安装aspera,新建download子环境,然后在该环境下面安装指定软件 ,就可以高速下载 不同 数据集的fastq文件 ,代码如下: conda create -n download conda activate download conda install -y -c hcc aspera-cli whichascp ## 一定要搞清楚你的软件被conda安装在哪 ls -lh ~/minicon...
如果有一个文件比较大,终止了,可以重新运行安装命令 # aspera conda install -y aspera-cli -c hcc ascp --help # 可以一次安装多个软件 conda install -y trim-galore hisat2 subread multiqc samtools salmon fastp ##作为新手,建议一个个软件安装,有时候软件之间会出现冲突,conda不能解决软件之间的...
接下来 使用conda安装aspera, 可以高速下载 不同 数据集的fastq文件 ,代码如下: 代码语言:javascript 复制 conda create-n download conda activate download conda install-y-c hcc aspera-cli which ascp ## 一定要搞清楚你的软件被conda安装在哪 ls-lh~/miniconda3/envs/download/etc/asperaweb_id_dsa.openss...
但是我们常规的的教程都是基于Linux的conda的教程,比如各个用户里面安装自己的conda,每个用户独立操作,安装方法代码如下: # 首先下载文件,20M/S的话需要几秒钟即可 wget https...Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh # 安装成功后需要更新系统环境变量文件 source ~/.bashrc 接下来 使用conda安装aspera, 可以高速下载...
接下来 使用conda安装aspera, 可以高速下载 不同 数据集的fastq文件 ,代码如下: conda create -n download conda activate download conda install -y -c hcc aspera-cli whichascp ## 一定要搞清楚你的软件被conda安装在哪 ls -lh ~/miniconda3/envs/download/etc/asperaweb_id_dsa.openssh ...
conda install -y aspera-cli -c hcc ascp --help # 可以一次安装多个软件 conda install -y trim-galore hisat2 subread multiqc samtools salmon fastp ##作为新手,建议一个个软件安装,有时候软件之间会出现冲突,conda不能解决软件之间的冲突问题。
1conda env remove -n env_name 6.conda安装/卸载当前channels中不存在的包 1anaconda search -t conda xxx #首先搜索包和对应的channel,注意这里是anaconda,而不是conda2anaconda show rpetit3/aspera-connect #查看包详情3conda install -c rpetit3 aspera-connect #安装rpetit3 channel中的aspera-connect包 ...
.aspera/connect/bin/ascp -i .aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh --overwrite=diff -QTr...