##安装完成返回3个done,如果有一个文件比较大,终止了,可以重新运行安装命令 # aspera conda install -y aspera-cli -c hcc ascp --help # 可以一次安装多个软件 conda install -y trim-galore hisat2 subread multiqc samtools salmon fastp ##作为新手,建议一个个软件安装,有时候软件之间会出现冲突...
conda install-y aspera-cli-c hcc##-c hcc,-c是指定它在hcc频道,就是指定安装的频道##调用帮助文档,不是软件的名字,如下ascp--help#有时候一个软件是一个工具集,它下面有很多工具,每个工具都有不同的名字,就调某个具体工具的名字,而不是调用软件的名字。#samtools,fastqc刚好有一个软件名和它的命令是一...
##可以指定安装版本 ##conda install -y sra-tools=2.10.7 ##安装完成返回3个done,如果有一个文件比较大,终止了,可以重新运行安装命令 # aspera conda install -y aspera-cli -c hcc ascp --help # 可以一次安装多个软件 conda install -y trim-galore hisat2 subread multiqc samtools salmon ...
安装软件 注:软件都要安装在小环境中,不要安装在 base # 激活环境 conda activate rna # 安装 fastqc 软件 conda install fastqc # 调出帮助文档 fastqc --help # 可以指定软件版本 conda install -y samtools=1.14 # aspera conda install -y -c hcc aspera-cli ascp --help # 可以一次安装多个软件 conda...
# 下载安装软件之前先搜索是否存在http://bioconda.github.io/conda-recipe_index.html 网页搜索:conda ascp 安装 关于conda 的安装相关选项可可以参考:https://docs.conda.io/projects/conda/en/latest/commands/install.html 代码语言:javascript 复制 # 安装 fastqc 软件 ...
4. 安装好了以后,在这个环境下测试 prefetch -t ascp -a "/home/usr/anaconda3/envs/sradownload/bin/ascp|/home/usr/anaconda3/envs/sradownload/etc/asperaweb_id_dsa.openssh" SRR11111111 5. 完成!其实看别人的教程也有人直接用ascp就能下载的,不用搭配prefetch,我也试了一下NCBI官方文档(https://www...
.aspera/connect/bin/ascp -i .aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh --overwrite=diff -QTr...
.aspera/connect/bin/ascp -i .aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh --overwrite=diff -QTr...
接下来 使用conda安装aspera, 可以高速下载 不同 数据集的fastq文件 ,代码如下: conda create -n download conda activate download conda install -y -c hcc aspera-cli which ascp ## 一定要搞清楚你的软件被conda安装在哪 ls -lh ~/miniconda3/envs/download/etc/asperaweb_id_dsa.openssh ...
接下来 使用conda安装aspera,新建download子环境,然后在该环境下面安装指定软件 ,就可以高速下载 不同 数据集的fastq文件 ,代码如下: conda create -n download conda activate download conda install -y -c hcc aspera-cli whichascp ## 一定要搞清楚你的软件被conda安装在哪 ...