Complexheatmap中的Heatmap()函数,有一个width和height参数可以设置 Heatmap(mat,name="mat",width=ncol(mat)*unit(5,"mm"),height=nrow(mat)*unit(5,"mm")) 而对应到pheatmap中就是cellwidth和cellheight,设置的就是cell的长和宽。 https://jokergoo.github.io/2020/05/06/translate-from-pheatmap-to-...
rect_gp=gpar(col=NA),#rect_gp:热图体区矩形的参数,如设置举行边框为白色cell_fun=NULL,#cell_fun:自定义在cell中增加绘图项的函数。7个参数:i(row index,矩阵中的行index), j(column index,矩阵中的列index), x,y(热图体区中中间点的坐标),width,height(cell的宽度和高度),fill(cell的填充颜色)row_...
前面介绍过单细胞常见图形的可视化scRNA复现|所见即所得,和Cell学umap,plot1cell完成惊艳的细胞注释umap图,scRNA分析 | 定制 美化FeaturePlot 图,你需要的都在这,scRNA分析| 和SCI学 定制化聚类点图(Dotplot ),含二行代码出图方式,scRNA分析| Seurat堆叠小提琴图不满足?那就ggplot2 堆叠 各种元素,在scRNA分析| D...
cell_fun用于绘制每个单元格,layer_fun是其矢量化的版本,cell_fun使用简单,layer_fun执行速度快,样式多 7.1 cell_fun cell_fun参数接受一个带 7 个参数的函数,分别是: j: 数据矩阵的列索引 i: 数据矩阵的行索引 x: 热图主体viewport中对应的单元格中点x坐标 y: 热图主体viewport中对应的单元格中点y坐标 wid...
legend_width=unit(0.165,'npc'), at = c(0,0.01,0.05,0.1)) draw(lgd,x = unit(0.715, "npc"), y = unit(0.925, "npc")) heatmap 往期内容 (免费教程+代码领取)|跟着Cell学作图系列合集 Q&A | 如何在论文中画出漂亮的插图? Front Immunol 复现 | 1. GEO数据下载及sva批次校正(PCA可视化)...
irowindex矩阵中的行indexjcolumnindex矩阵中的列indexxy热图体区中中间点的坐标widthheightcell的宽度和高度fillcell的填充颜色 ComplexHeatmap()函数解析 参数: matrix 数字或字符型矩阵(可以是离散或连续型数值) col 定义热图颜色,对离散型数据,col可以是一个向量;对连续型数据,col可以是一个函数,也可以用color...
cell_fun = NULL, #cell_fun:自定义在cell中增加绘图项的函数。7个参数:i(row index,矩阵中的行index), j(column index,矩阵中的列index), x,y(热图体区中中间点的坐标),width,height(cell的宽度和高度),fill(cell的填充颜色) row_title = character(0), 行标题 ...
cell_fun =function(j, i, x, y, width, height, fill) { grid.rect(x = x, y = y, width = width, height = height, gp = gpar(col ="grey", fill =NA)) if(i == j) { grid.text(nm[i], x = x, y = y) }elseif(i > j) { ...
而对应到 pheatmap 中就是cellwidth和cellheight，设置的就是cell的长和宽。然后使用 draw() 得到绘制好的图，根据 ComplexHeatmap:::width(ht) 和 ComplexHeatmap:::height(ht) 可以获取此时图的长和宽， 注意这里包括所有的元素，包括图例，树状图等 ， 所以如果需要调整参数一定要在计算图尺寸之前...
cellwidth =15, cellheight =12, main ="Example heatmap") 添加列的annotation: annotation_col = data.frame( CellType = factor(rep(c("CT1","CT2"),5)), Time =1:5 ) rownames(annotation_col) = paste("Test",1:10, sep ="")