ComplexHeatmap 由德国国家肿瘤疾病中心顾顾祖光博士开发,该R包正如其名一样复杂,但是其绘制热图功能却堪称全面。所以我们也陆续学习一下这个包的功能和应用。 ===安装=== library(devtools) # 检查热图包,没有则通过github安装最新版 if (!require("ComplexHeatmap")) install_github("jokergoo/ComplexHeatmap")...
Heatmap(v, name = "mat", top_annotation = ha, width = unit(2, "cm"), row_split = split) 通常我们不会绘制这个单列热图。它总是与其他“主要热图”结合在一起。 m = matrix(rnorm(50*10), nrow = 50) ht_list = Heatmap(m, name = "main_matrix") ha = HeatmapAnnotation(summary = ...
ht1 = Heatmap(mat1, name = "rnorm", col = col_rnorm, row_title = "Heatmap 1", column_title = "Heatmap 1") ht2 = Heatmap(mat2, name = "runif", col = col_runif, row_title = "Heatmap 2", column_title = "Heatmap 2") ht3 = Heatmap(le, name = "letters", col = co...
HeatmapAnnotation()通过将注释设置为函数来支持“复杂注释”。annotation 函数定义了如何在热图中的列或行对应的某个位置绘制图形。ComplexHeatmap包中预定义了很多注释函数 。 对于anno_*()形式的所有注释函数,如果在HeatmapAnnotation()或rowAnnotation()中指定 ,则不需要明确地做任何anno_*()事情来判断它是应该绘...
9.1 pheatmap热图 pheatmap用于制作热图是一个很不错的 R 包,启发了许多其他热图包,例如ComplexHeatmap。从ComplexHeatmap 的2.5.2 版本开始,有一个新ComplexHeatmap::pheatmap()函数,它实际上将所有pheatmap::pheatmap()参数映射到ComplexHeatmap::Heatmap()中,这意味着,它将 pheatmap 转换为复杂热图。通过这样做,...
单个热图 单个热图是最常用的数据可视化方法。虽然ComplexHeatmap包的“亮点”在于它可以同时高效可视化一个热图列表,作为热图列表的基本单元,配置好单个热图是很重要的。 首先生成一个3行3列的随机矩阵: set.seed(123)nr1=4;nr2=8;nr3=6;nr=nr1+nr2+nr3 ...
ComplexHeatmap包的主要特点是它可以水平或垂直连接热图和注释列表,我们可以将各种信息来源进行可视化关联。在本章中,我们主要介绍水平串联(在分析中使用频率较高)后面也展示了一些垂直串联的例子。水平和垂直串联在语法上是基本相似的。 对于水平串联,所有热图和注释的行数应该相同。我们首先介绍热图的串联,然后我们将展...
2.7 热图分割 ComplexHeatmap包的一个主要优点是它支持按行和列拆分热图,以便更好地对按照数据特征进行分组,便于突出显示各组的信息。 控制拆分的参数有:row_km,row_split,column_km,column_split。下面,我们将分裂产生的子簇称为"切片"。 2.7.1 通过k-means聚类分割 ...
在热图的最左侧,绘制了彩色矩形anno_block()以识别 k 均值聚类中的五个聚类。在“基本均值”和“基因类型”热图之上,还有汇总图(条形图和箱形图)显示五个集群中数据点的统计数据或分布。 library(ComplexHeatmap)library(circlize)expr=readRDS(system.file(package="ComplexHeatmap","extdata","gene_expression.rds...
ComplexHeatmap包中有以下装饰函数: decorate_heatmap_body() decorate_annotation() decorate_dend() decorate_title() decorate_dimnames() decorate_row_names(),等同于decorate_dimnames(..., which = "row")。 decorate_column_names(),等同于decorate_dimnames(..., which = "column")。