如图1所示,使用单细胞转录组(Th17p细胞和Th17n细胞)和代谢模型作为COMPASS的输入,经过流平衡分析,找到了两群细胞间异常的代谢通路(图2)及相关的反应/酶,并进行了分子和功能验证,以及小鼠体内验证。 图2.4个差异通路 如图2所示:左上:糖酵解通路(Glycolysis)在Th17p细胞中更加活跃(反应/酶几乎都分布在虚线右侧);右...
如图1所示,使用单细胞转录组(Th17p细胞和Th17n细胞)和代谢模型作为COMPASS的输入,经过流平衡分析,找到了两群细胞间异常的代谢通路(图2)及相关的反应/酶,并进行了分子和功能验证,以及小鼠体内验证。 图2.4个差异通路 如图2所示:左上:糖酵解通路(Glycolysis)在Th17p细胞中更加活跃(反应/酶几乎都分布在虚线右侧);右...
需要注意的是,Compass计算时间相对较长,每个细胞大约需要30分钟,而另一个用于单细胞代谢预测的工具——scFEA[2]计算速度相对快得多,例如使用8个线程预测100个细胞的测试数据大约只需要1分钟。因此针对较大的数据集,Compass可以通过微池(--microcluster-size)将细胞划分为簇,再以簇的平均值表征该簇,这里也可以使用...
如图1所示,使用单细胞转录组(Th17p细胞和Th17n细胞)和代谢模型作为COMPASS的输入,经过流平衡分析,找到了两群细胞间异常的代谢通路(图2)及相关的反应/酶,并进行了分子和功能验证,以及小鼠体内验证。 图2.4个差异通路 如图2所示:左上:糖酵解通路(Glycolysis)在Th17p细胞中更加活跃(反应/酶几乎都分布在虚线右侧);右...
需要注意的是,Compass计算时间相对较长,每个细胞大约需要30分钟,而另一个用于单细胞代谢预测的工具——scFEA[2]计算速度相对快得多,例如使用8个线程预测100个细胞的测试数据大约只需要1分钟。因此针对较大的数据集,Compass可以通过微池(--microcluster-size)将细胞划分为簇,再以簇的平均值表征该簇,这里也可以使用...
在后续处理中,对于Micropool的数据,第一步是区分哪些Cluster是哪些亚群,以相应细胞占据的比例计算 https://yoseflab.github.io/Compass/notebooks/Demo-micropools.html 因为我直接分开亚群micropool的,所以就不用再区分了 在Jupyter notebook激活Compass虚拟环境 ...
因此,广泛的实验证明,GeneCompass预训练编码的基因嵌入能够捕捉固有的基因特征,并进一步学习跨物种的基因调控机制。 GeneCompass提升了从单物种到跨物种的细胞类型注释 尽管现有方法在细胞类型注释方面表现不错,但它们只关注单物种任务。GeneCompass是利用跨物种语料库和四种类型的先验知识预训练的,这可能会提升从单物种到...
图1. COMPASS算法 如图1所示,使用单细胞转录组(Th17p细胞和Th17n细胞)和代谢模型作为COMPASS的输入,经过流平衡分析,找到了两群细胞间异常的代谢通路(图2)及相关的反应/酶,并进行了分子和功能验证,以及小鼠体内验证。 图2.4个差异通路 如图2所示:左上:糖酵解通路(Glycolysis)在Th17p细胞中更加活跃(反应/酶几乎都...