差异基因的GO/KEGG数据库注释 表达矩阵及基因列表的GSEA分析 背景知识: 以前通常认为乳腺上皮包括两大类细胞:位于内层的分泌性管腔细胞(secretory luminal cells)和位于外层的基底/肌上皮细胞(basal/myoepithelial cells) an inner layer ofluminalcells that surround the lumen an outer layer of myoepithelial cells ...
第二,富集分析函数enriche,Y 叔的神奇之处在于,他创造了这个通用的富集分数 你不用再究竟KEGG分析,GO分析,只要是个基因集,他都能做,真正的解放思想。 第三,是enriche函数的第二个参数(可以逗号隔开更多的参数哦),就是这里的基因集。 以上的代码,可以实现任意基因集的ORA分析,可谓是真正的万能代码。 接下来就...
(geneList3))) > ## gseGO > gsea.formula <- compareCluster(Entrez|logFC~group, data=mydf2, + fun='gseGO', OrgDb='org.Hs.eg.db') > > gsea.formula # # Result of Comparing 3 gene clusters # #.. @fun gseGO #.. @geneClusters List of 3 $ A: Named num [1:12495] 4.57 4.51...
Describe your issue Even using the example from the documentation I am getting errors: > xx <- enrichplot::pairwise_termsim(xx) > clusterProfiler::dotplot(xx) > xx <- compareCluster(gcSample, + fun = "groupGO", + OrgDb= 'org.Hs.eg.db', +...
求助:用clusterprofiler的compareCluster富集分析后画图,报错 我有2个基因集,用compareCluster富集分析,输出的富集结果excel表格里显示2个基因都富集到几十个 GO term。 画图时,如图设置showCategory = NULL ,报错 ; 设置showCategory = 10,报错 ; 设置showCategory = 8 ,成功 ;...
write.csv(yy, "compareGO.csv") p <- ggplot(yy, aes(x=Cluster, y=Description),showCategory=15) + geom_point(aes(color=-1*log(qvalue), size=GeneRatio, shape = ONTOLOGY,))+ scale_color_gradient(low = "blue", high = "red")+ labs(color=expression(-log[10](qvalue)), size="...