AI代码解释 library(clusterProfiler)load('data1.Rdata')library(org.Hs.eg.db)en_sym<-select(org.Hs.eg.db,keys=keys(org.Hs.eg.db),columns=c('ENSEMBL','SYMBOL','ENTREZID'))data1[,11:13]<-en_sym[match(rownames(data1),en_sym$ENSEMBL),]BC_LP<-data1$ENTREZID[!data1$BCvsLP=='']...
第一,gcSample就是我们给的多组数据,也可以是单细胞每个亚群的marker基因 第二,富集分析函数enriche,Y 叔的神奇之处在于,他创造了这个通用的富集分数 你不用再究竟KEGG分析,GO分析,只要是个基因集,他都能做,真正的解放思想。 第三,是enriche函数的第二个参数(可以逗号隔开更多的参数哦),就是这里的基因集。
yy <- compareCluster(cp, fun="enrichGO", OrgDb = "org.Hs.eg.db", ont = "ALL", pvalueCutoff = 1, pAdjustMethod = "BH", qvalueCutoff = 1) write.csv(yy, "compareGO.csv") p <- ggplot(yy, aes(x=Cluster, y=Description),showCategory=15) + geom_point(aes(color=-1*log(...
Describe your issue Even using the example from the documentation I am getting errors: > xx <- enrichplot::pairwise_termsim(xx) > clusterProfiler::dotplot(xx) > xx <- compareCluster(gcSample, + fun = "groupGO", + OrgDb= 'org.Hs.eg.db', +...
第二,富集分析函数enriche,Y 叔的神奇之处在于,他创造了这个通用的富集分数 你不用再究竟KEGG分析,GO分析,只要是个基因集,他都能做,真正的解放思想。 第三,是enriche函数的第二个参数(可以逗号隔开更多的参数哦),就是这里的基因集。 以上的代码,可以实现任意基因集的ORA分析,可谓是真正的万能代码。
[1] DOSE_3.22.1 enrichplot_1.16.2 [3] patchwork_1.1.2 ComplexHeatmap_2.12.1 [5] rstatix_0.7.1 ggpubr_0.5.0 [7] GOSemSim_2.22.0 rtracklayer_1.56.1 [9] annotatr_1.22.0 TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.knownGene_3.10.0 [11] GenomicFeatures_1.48.4 clusterProfiler_4.4.4 [13] ChIPseeker...